当店铺不存在（如已注销、关闭或搬迁）的情况下，涉企行政检查的进行需结合具体场景和法律规定综合判断。以下是分情况说明及操作建议：

1. 店铺已注销或关闭，但企业主体仍存续

• 检查对象：行政机关仍可针对企业主体（如公司、个体工商户的登记主体）进行检查，但检查范围限于企业存续期间的经营行为或注销前的合规性。
• 检查方式：
  • 调取档案：通过市场监管部门调取企业注销前的经营记录、税务申报、行政许可等资料；
  • 询问相关人：联系企业负责人、原员工或关联方，核实经营情况；
  • 现场复查：若企业注销后仍有场所残留（如仓库、设备），可对残留物进行检查，但需注意检查权限边界（如是否涉及私人财产）。
• 法律依据：根据《行政处罚法》《公司法》等，企业注销不免除其存续期间的违法责任，行政机关可依法追溯。

2. 店铺搬迁至新地址，未及时变更登记信息

• 检查对象：行政机关仍可对原地址进行检查，但若发现企业已搬迁，应要求企业提供新地址或通过市场监管部门查询变更信息。
• 检查方式：
  • 留置文书：在原地址留置《检查通知书》，要求企业限期到指定地点接受检查；
  • 协同核查：联合市场监管、税务等部门，通过数据共享定位企业新址；
  • 公告送达：若企业失联，可通过政府网站公告检查事项，视为送达。
• 风险提示：企业未及时变更登记信息可能面临行政处罚（如《公司登记管理条例》第68条），建议主动配合检查并更新信息。

3. 店铺彻底关闭且企业主体已注销，无残留资产或人员

• 检查终止：若企业已合法注销且无遗留问题，行政机关通常终止检查，但需留存注销证明等材料备查。
• 例外情形：若检查中发现企业注销前存在重大违法行为（如环境污染、税务欺诈），行政机关可启动“双随机、一公开”后续监管或移送司法机关，但需严格遵循法定程序。

4. 行政机关检查权限的合法性审查

• 法定依据：检查需有明确法律依据（如《安全生产法》《环境保护法》等），且符合“双随机、一公开”监管要求；
• 程序合规：检查人员应出示执法证件，说明检查事由、范围，并制作现场笔录；
• 救济途径：若企业认为检查违法，可申请行政复议或提起行政诉讼（如《行政诉讼法》第12条）。

操作建议

1. 企业端：
   • 注销前完成清算，妥善处理债权债务；
   • 搬迁时及时变更登记信息，避免信息错配；
   • 保留经营期间合规证明（如环保验收报告、税务清税证明），以备检查。
2. 行政机关端：
   • 通过国家企业信用信息公示系统等平台核实企业状态；
   • 对已注销企业，优先通过档案调取、数据比对等非现场方式检查；
   • 严格遵循检查程序，避免过度执法。

如遇具体争议（如检查程序违法、处罚不当），可进一步提供细节，我将结合案例和法条为您分析应对策略。