当总承包单位的分包单位出现违法行为时，总承包单位需要采取一系列严谨且全面的措施来应对和处理。以下是从多个方面为您详细阐述的处理流程：
一、立即停止违法行为
法律依据：根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，承包单位若存在违法分包行为，将面临责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书的处罚。
具体做法：总承包单位一旦发现分包单位存在违法行为，应立即通知其停止相关活动，避免违法行为的持续和扩大。例如，若分包单位已经开始施工，总承包单位应要求其立即撤出施工现场，并停止一切与违法分包相关的作业。
二、主动向相关部门报告
法律依据：虽然法律没有明确规定主动报告可免责，但在实际执法中，监管部门通常会考虑企业的认错态度和配合情况，主动报告并配合调查处理可能会在一定程度上减轻处罚。
具体做法：总承包单位应及时、如实地向当地建设行政主管部门或其他相关监管机构报告违法分包的情况。报告内容应详尽，包括违法分包的具体事实、涉及的工程项目、分包方信息等。建议以书面形式提交详细的报告材料，以便监管部门全面了解情况。
三、积极配合调查处理
法律依据：配合监管部门的调查是总承包单位的法定义务，也是减轻自身责任、避免更严重处罚的关键。
具体做法：在监管部门介入调查后，总承包单位要积极提供相关资料和信息，如工程合同、施工图纸、施工进度记录、人员资质证明等。同时，要安排专人负责与监管部门沟通协调，及时回应监管部门的要求和问题，确保调查工作的顺利进行。
四、承担相应法律责任
行政责任
民事责任
五、内部整改与管理完善
全面排查：总承包单位要对企业内部的项目管理进行全面排查，查找是否存在其他类似的违法违规行为，如挂靠、出借资质等问题，确保企业运营的合规性。
制度建设：建立健全项目管理制度，加强对分包商的选择和管理。明确分包的审批流程、标准和要求，确保分包活动合法合规。例如，可以制定严格的分包商准入制度，对分包商的资质、信誉、业绩等进行全面评估。
人员培训：加强对企业管理人员和项目管理人员的法律培训，提高他们的法律意识和合规意识。通过定期的培训和教育活动，确保员工了解并遵守相关法律法规和规章制度，避免因无知而触犯法律。
案例说明
以某建筑企业为例，该企业承接了一项大型建筑工程后，将其中的主体结构工程违法分包给了不具备相应资质的企业。在建设过程中，被当地建设主管部门查处。该企业立即停止了违法分包行为，主动向主管部门报告了情况，并积极配合调查。最终，该企业被处以工程合同价款一定比例的罚款，并被责令限期整改。该企业按照要求进行内部整改，加强了对分包管理的制度建设和人员培训，成功避免了类似问题的再次发生。
综上所述，当总承包单位的分包单位出现违法行为时，总承包单位应立即停止违法行为、主动向相关部门报告、积极配合调查处理、承担相应法律责任，并进行内部整改与管理完善。这些措施将有助于总承包单位有效应对违法分包问题，降低法律风险，保障企业的稳健发展。