结论：在协议经由村委会、派出所、司法所全部认可的情况下，对方故意阻拦施工是否构成寻衅滋事，需结合具体行为表现、社会危害性及法律条款综合判断，不能直接认定为寻衅滋事，但若行为符合寻衅滋事构成要件，则可能构成该罪。以下从法律定义、构成要件、行为表现及法律后果等角度详细分析：
一、寻衅滋事的法律定义与构成要件
根据《中华人民共和国刑法》第二百九十三条的规定，寻衅滋事罪是指肆意挑衅，随意殴打、骚扰他人或任意损毁、占用公私财物，或者在公共场所起哄闹事，严重破坏社会秩序的行为。其构成要件包括：
- 行为对象：不特定的人或物，即行为具有随意性，不针对特定目标。
- 行为方式：包括随意殴打他人、追逐、拦截、辱骂、恐吓他人、强拿硬要或者任意损毁、占用公私财物、在公共场所起哄闹事等。
- 社会危害性：行为需达到“情节恶劣”或“情节严重”的程度，即对社会秩序造成严重破坏。
二、对方故意阻拦施工的行为分析
在协议经由村委会、派出所、司法所全部认可的情况下，对方故意阻拦施工，这一行为本身并不直接等同于寻衅滋事。要判断其是否构成寻衅滋事，需考虑以下因素：
- 行为目的与动机：若对方阻拦施工是出于个人恩怨、报复心理或其他非法目的，且行为具有随意性，不针对特定施工环节或人员，则可能符合寻衅滋事的行为特征。
- 行为方式与手段：若对方采用暴力、威胁、辱骂、恐吓等手段阻拦施工，或者强行占用施工场地、损毁施工设备等，这些行为可能构成寻衅滋事中的“随意殴打他人”、“强拿硬要”或“任意损毁、占用公私财物”等情形。
- 社会危害性：需评估对方阻拦施工的行为是否对施工秩序、社会公共利益造成严重破坏。若行为导致施工长时间停滞、造成重大经济损失或引发社会不稳定因素，则可能达到“情节恶劣”或“情节严重”的程度。
三、法律后果与应对建议
- 法律后果：若对方行为构成寻衅滋事罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或管制等。同时，若其行为给施工方造成经济损失，还需承担民事赔偿责任。
- 应对建议：
- 收集证据：施工方应及时收集对方阻拦施工的相关证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以证明对方行为的违法性和危害性。
- 报警处理：在对方阻拦施工时，施工方应立即报警，由公安机关介入调查处理。公安机关将根据行为性质、情节严重程度等因素，决定是否立案侦查。
- 法律途径：若对方行为构成寻衅滋事罪或其他违法行为，施工方可通过法律途径追究对方责任，包括提起刑事诉讼或民事诉讼等。
四、特殊情况考虑
若对方阻拦施工是基于对协议内容、施工合法性等方面的合理质疑或异议，且通过合法途径表达诉求（如向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等），则一般不构成寻衅滋事。在此情况下，双方应通过协商、调解或法律途径解决争议。
总结：对方故意阻拦施工是否构成寻衅滋事，需结合具体行为表现、社会危害性及法律条款综合判断。若行为符合寻衅滋事的构成要件，则可能构成该罪并面临相应法律后果。因此，在处理此类纠纷时，建议施工方及时收集证据、报警处理并通过法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请随时向我咨询。