结论：公司员工用他人微信支付报销的行为是否合法，需结合具体情况判断，但通常情况下，这种行为可能涉及违反公司财务管理制度、侵犯公司财产权，甚至可能构成挪用资金罪、职务侵占以及虚假报销等法律问题，因此，该行为一般是不合法的，且存在较大的法律风险。
详细分析：
违反公司财务管理制度：
- 公司通常设有明确的财务管理制度，要求员工在报销时使用公司指定的支付方式，并遵循一定的审批流程。员工使用他人微信支付报销，绕过了公司正规的财务流程，可能违反了公司的财务管理制度。
侵犯公司财产权：
- 如果员工使用他人微信支付报销的款项实际上属于公司财产（例如，员工先垫付了公司应支付的款项，但后续通过报销方式从公司获取补偿），那么员工未经公司同意擅自使用他人微信支付，可能构成对公司财产权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》，民事主体的财产权利受法律保护，任何组织或个人不得侵犯。
可能构成挪用资金罪或职务侵占：
- 如果员工利用职务便利，将公司资金通过他人微信支付的方式挪作他用，且数额较大、超过三个月未还，或者进行营利活动、非法活动，可能构成挪用资金罪。
- 如果员工长期、多次以此方式挪用公司资金，或将部分资金占为己有且拒不归还，数额较大的，还可能涉嫌职务侵占罪。
虚假报销与税务风险：
- 如果员工通过不真实的报销内容来掩盖其挪用资金的行为，则构成虚假报销，这是违法的。
- 不规范的资金收支方式还可能导致公司税务问题。货款或报销款项未正规入账可能影响税种计算与缴纳，给公司带来税务风险，包括补缴税款、滞纳金及罚款等处罚。
公司应对措施：
- 立即调查：公司发现此类行为后，应立即进行调查，要求员工说明情况并归还资金（如果涉及公司财产）。
- 法律追责：根据公司规章制度和法律规定，追究员工的法律责任。如果涉及犯罪，应及时向公安机关报案。
- 加强内部管理：完善财务制度，加强内部控制，明确报销流程和支付方式，防止类似事件再次发生。
建议：
- 对于员工而言，应严格遵守公司的财务管理制度，使用公司指定的支付方式进行报销，并遵循正规的审批流程。
- 对于公司而言，应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识，同时完善内部管理制度，确保公司财产的安全和合规使用。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。