劳动者以单位未依法缴纳社保为由主张经济补偿金，存在仲裁时效限制，但需分情况讨论时效起算点。具体分析如下：

1. 仲裁时效的一般规则

根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若劳动者以单位未依法缴纳社保为由解除劳动合同并主张经济补偿金，时效通常从劳动者解除劳动合同之日起算。

示例：若劳动者于2023年1月1日以单位未缴社保为由解除合同，则需在2024年1月1日前申请仲裁，否则可能因超过时效被驳回。

2. 特殊情形：时效中断与中止

• 时效中断：若劳动者在1年时效内通过向单位主张权利（如书面催缴社保）、申请调解或仲裁等方式主张权利，时效从中断时起重新计算1年。
• 时效中止：若因不可抗力（如自然灾害、疫情）或其他正当理由（如劳动者患病无法主张权利），时效可中止，待中止事由消除后继续计算。

示例：劳动者在2023年6月1日向单位书面催缴社保，时效从该日起重新计算1年，即最迟需在2024年6月1日前申请仲裁。

3. 社保补缴与经济补偿金的关联性

• 补缴社保的时效：社保补缴争议属于行政争议，不受1年仲裁时效限制，劳动者可随时向社保部门投诉要求补缴。
• 经济补偿金的时效：若劳动者以单位未缴社保为由解除合同并主张经济补偿金，则需受1年仲裁时效限制，且时效从解除合同之日起算。

关键点：即使社保部门责令单位补缴社保，劳动者仍需在解除合同后1年内申请仲裁主张经济补偿金，否则可能丧失胜诉权。

4. 实务建议

• 及时主张权利：若发现单位未缴社保，劳动者应尽快与单位协商或向社保部门投诉，并保留书面证据（如催缴记录、解除合同通知等）。
• 注意时效起算点：若以未缴社保为由解除合同，需在解除后1年内申请仲裁；若未解除合同，则可能因未发生“损害后果”而无法主张经济补偿金。
• 综合维权策略：可同步向社保部门投诉要求补缴社保，并向劳动仲裁委申请仲裁主张经济补偿金，形成双重保障。

总结：劳动者以单位未缴社保为由主张经济补偿金，需在解除合同后1年内申请仲裁，但可通过时效中断、中止等规则延长时效。建议劳动者及时行动，避免因时效问题丧失维权机会。如有进一步疑问，可直接向我咨询。