结论：小三和已婚男人一起以股份制合作办厂，在法律上本身并不直接被禁止，但这一行为可能涉及多重法律关系和风险，需要谨慎对待。
分析角度一：法律关系的合法性
股份制合作办厂的合法性：
- 股份制合作办厂是一种合法的企业组织形式，只要符合《中华人民共和国公司法》等相关法律法规的规定，如股东人数、出资方式、公司章程等，就可以依法设立并运营。
已婚男人与小三的合作：
- 从法律上讲，已婚男人与小三作为两个独立的民事主体，有权自由选择合作方式和对象。然而，这种合作可能引发道德和伦理上的争议，但并不直接构成法律上的禁止。
分析角度二：可能涉及的法律风险
婚姻关系的影响：
- 如果已婚男人的配偶对此合作提出异议，特别是如果合作资金来源于夫妻共同财产，那么可能引发婚姻财产纠纷。根据《中华人民共和国民法典》中关于夫妻共同财产的规定，未经配偶同意，一方不得擅自处分夫妻共同财产用于个人投资或合作。
债务承担问题：
- 在股份制合作办厂过程中，如果产生债务，股东通常需要按照其出资比例承担有限责任。但如果已婚男人与小三的合作存在欺诈、隐瞒等违法行为，或者公司财产与个人财产混同，那么可能面临无限责任的风险。
道德和伦理风险：
- 尽管法律不直接禁止这种合作，但社会道德和伦理可能对此持否定态度。这种合作可能损害已婚男人的家庭关系，引发社会舆论的谴责，甚至可能影响企业的声誉和运营。
分析角度三：法律建议
明确合作协议：
- 如果已婚男人与小三决定合作办厂，应当签订详细的合作协议，明确双方的权利义务、出资比例、利润分配、债务承担等事项，以避免未来可能出现的纠纷。
尊重婚姻关系：
- 已婚男人在合作过程中应当尊重其婚姻关系，避免将合作资金来源于夫妻共同财产而未经配偶同意，以免引发婚姻财产纠纷。
考虑社会影响：
- 在决定合作前，双方应当充分考虑社会影响和道德伦理因素，避免因为合作而损害个人声誉和企业形象。
总结与进一步思考：
小三和已婚男人一起以股份制合作办厂在法律上并不直接被禁止，但这一行为可能涉及多重法律关系和风险。在决定合作前，双方应当充分了解相关法律法规，签订详细的合作协议，并尊重婚姻关系和社会道德伦理。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。