结论：员工起诉公司但不离职，公司需根据具体情况采取相应措施，包括积极应诉、加强内部管理、考虑协商调解以及关注员工动态等。

详细分析：

1. 积极应诉，维护公司权益：

   • 员工起诉公司，无论其是否离职，公司都应积极应诉，准备相关证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录等，以证明公司的立场和事实。
   • 公司可以委托专业律师代理诉讼，确保在法律程序中充分维护自身权益。律师将协助公司分析案情，制定诉讼策略，并代表公司出庭应诉。

2. 加强内部管理，预防类似纠纷：

   • 公司应借此机会审视内部管理是否存在漏洞或不足，如劳动合同签订、工资支付、社保缴纳等方面是否合规。
   • 针对发现的问题，公司应及时进行整改，完善相关制度，加强员工培训，以预防类似纠纷的再次发生。

3. 考虑协商调解，寻求和解：

   • 在诉讼过程中，公司也可以考虑与员工进行协商调解，寻求和解的可能性。这有助于减少诉讼成本，缩短诉讼周期，并维护公司与员工之间的和谐关系。
   • 协商调解时，公司应秉持公平、合理的原则，与员工就争议事项进行充分沟通，寻求双方都能接受的解决方案。

4. 关注员工动态，确保工作秩序：

   • 尽管员工起诉公司，但公司仍需关注其工作动态，确保工作秩序不受影响。公司可以与员工进行沟通，了解其工作状态和需求，尽量为其提供必要的工作支持和帮助。
   • 如果员工的行为对公司造成严重影响或损失，公司也可以依法采取相应措施，如调整工作岗位、解除劳动合同等。但在此过程中，公司需确保程序合法、证据充分，以避免引发新的法律纠纷。

法律背景与建议：

• 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，员工与公司之间发生劳动争议时，双方都有权通过法律途径解决争议。因此，员工起诉公司是其合法权利，公司应尊重并积极应对。
• 在处理此类纠纷时，公司应注重证据的收集和保存，确保在法律程序中能够充分证明自己的立场和事实。同时，公司也应加强与员工的沟通和协商，寻求和解的可能性，以维护双方的和谐关系。

可能后果：

• 如果公司未能积极应诉或处理不当，可能导致败诉并承担相应的法律责任，如支付赔偿金、补缴社保等。
• 如果公司能够积极应对并妥善处理纠纷，则可能减少损失并维护公司的声誉和形象。

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