当遇到合同签订单位和发票开具单位不一致的情况时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为它可能涉及到税务、法律等多方面的风险。以下是我为您提供的详细解答：
一、查明不一致的原因
首先，您需要查明合同签订单位和发票开具单位不一致的具体原因。常见的原因可能包括：
- 委托代理关系：合同签订单位可能是受发票开具单位的委托代为签订合同。
- 集团内部交易：在大型企业集团内部，可能存在不同子公司或母公司与子公司之间的交易，导致合同签订与发票开具单位不一致。
- 交易主体变更：在合同履行过程中，可能发生了交易主体的变更，但合同未及时更新。
二、评估风险并采取措施
根据查明的原因，您需要评估潜在的风险，并采取相应的措施来确保合规性：
税务风险：
- 如果不一致被税务机关认定为虚开发票行为，将面临罚款、补缴税款、滞纳金等处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。
- 应对措施：确保业务真实，并保留相关证明材料，如委托代理协议、集团内部交易协议等。主动向税务机关说明情况，并提供必要的证明文件。
法律风险：
- 在合同纠纷中，不一致的情况可能导致责任主体不明确，从而引发法律纠纷。
- 应对措施：在合同中明确约定开票人的信息，并说明合同签订人与开票人不一致的原因。必要时，可以签订补充协议来进一步明确双方的权利和义务。
合同效力问题：
- 不一致可能影响合同的效力，导致合同被认定为无效或可撤销。
- 应对措施：仔细审查合同条款，确保合同内容合法、有效。如存在疑问，应及时咨询专业律师。
三、具体操作建议
- 核实情况：与合同对方进行沟通，核实合同签订单位和发票开具单位的具体身份及关系，了解不一致的原因。
- 完善合同条款：在合同中明确约定开票人的信息，包括名称、纳税人识别号等，并说明不一致的原因。必要时，可以签订补充协议来进一步明确。
- 保留相关证据：妥善保存与业务相关的所有文件和资料，如合同、发票、付款凭证、物流单据等，以备税务机关或其他监管部门的检查。
- 法律咨询：如无法自行解决问题，应及时咨询专业律师，了解法律风险并寻求合适的解决方案。
四、总结与建议
合同签订单位和发票开具单位不一致可能带来税务和法律等多方面的风险。为了确保合规性和避免潜在纠纷，我建议您：
- 在签订合同前，务必核实合同对方的信息，确保合同签订单位与发票开具单位一致或存在合法的委托代理关系。
- 在合同履行过程中，保持与合同对方的密切沟通，及时解决出现的问题。
- 如遇到不一致的情况，及时采取措施进行补救，并咨询专业律师的意见。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时与我联系。