工程中介合同不允许只签一份并由乙方留存，这样的做法在法律上存在风险且不符合常规合同签订的要求。以下从多个角度进行分析：

1. 合同签订的基本原则：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，应当体现双方的共同意愿。因此，合同通常需要双方各执一份，以确保双方都能明确合同的内容和条款。
   • 只签一份合同并由乙方留存，可能使得甲方无法持有合同原件，从而在后续履行或争议解决中处于不利地位。

2. 合同留存的重要性：

   • 合同原件是证明双方权利义务关系的重要证据。在发生争议时，合同原件的持有对于主张权利或抗辩至关重要。
   • 如果合同只由乙方留存，甲方在需要证明合同内容或履行情况时可能会面临困难，甚至可能因无法提供合同原件而承担不利后果。

3. 法律风险与后果：

   • 从法律角度来看，合同应当一式多份，由双方各执一份或根据需要留存多份。这是为了保障合同的完整性和可追溯性。
   • 如果合同只签一份并由乙方留存，可能被视为合同签订程序上的瑕疵，甚至可能影响合同的效力。在极端情况下，如果乙方篡改合同内容或丢失合同原件，甲方可能面临无法证明自己权利的风险。

4. 实际操作建议：

   • 在签订工程中介合同时，应当确保合同一式多份，由双方各执一份或根据需要留存多份。这样既可以保障双方的权益，也可以避免后续可能出现的争议和风险。
   • 如果乙方坚持只签一份合同并留存，甲方应当谨慎考虑并评估其中的法律风险。在必要时，可以要求乙方提供合同复印件或扫描件作为备份，并确保这些备份与原件一致。

总结与建议：工程中介合同应当一式多份，由双方各执一份或根据需要留存多份。这是为了保障合同的完整性和可追溯性，以及双方在后续履行或争议解决中的权益。如果乙方坚持只签一份合同并留存，甲方应当谨慎考虑并评估其中的法律风险，并在必要时采取相应的措施来保障自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。