当利息超过本金时，法院的判决会严格依据相关法律法规及案件具体情况来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》：该法典明确规定了禁止高利放贷，借款的利率不得违反国家有关规定。如果借款合同对支付利息没有约定或约定不明确，将视为没有利息或根据交易方式、交易习惯、市场利率等因素来确定利息。对于自然人之间的借款，如果没有特别约定，也视为没有利息。
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》：这一规定进一步明确了出借人请求借款人按照合同约定利率支付利息时，人民法院应予支持的条件，即双方约定的利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。超出这一上限的利息，法院将不予支持。
二、法院判决原则
保护合法利息：对于符合法律规定的利息部分，法院会予以支持。这意味着，只要借贷双方约定的利率未超过法定上限，即使利息超过了本金，法院也会判决借款人按照约定支付。
限制高利贷息：对于超出法定利率上限的利息部分，法院将不予支持。这是为了打击高利贷行为，保护借款人的合法权益不受侵害。
综合考量因素：在判决时，法院还会综合考虑其他因素，如借贷双方的过错程度、合同履行情况、实际损失等。例如，如果借款人存在恶意拖欠或欺诈行为，法院可能会适当提高其承担的责任比例。
三、具体判决结果
利息未超法定上限：如果利息未超过法定上限，法院将判决借款人按照约定支付利息，即使这部分利息超过了本金。
利息超过法定上限：如果利息超过了法定上限，法院将仅支持符合法律规定的部分利息，并驳回超出部分的诉讼请求。这意味着借款人只需支付法定上限内的利息，而无需支付超出部分的利息。
特殊情况处理：在某些特殊情况下，如借贷双方存在恶意串通损害他人利益的行为，或者利息计算存在明显错误等，法院可能会根据实际情况作出调整或撤销相关条款的判决。
四、实际案例说明
假设有一个案例，甲向乙借款10万元，约定年利率为36%。借款到期后，甲未偿还本息，乙起诉要求甲偿还本金及利息共计13.6万元（其中利息3.6万元）。法院在审理过程中发现，该利率超过了法律规定的保护上限（如一年期LPR的四倍为16%），因此会将利息调整为按16%计算。最终，法院判决甲偿还乙本金10万元及按16%计算的利息，即本息总额为11.6万元，超出部分的2万元利息不予支持。
综上所述，当利息超过本金时，法院的判决会依据相关法律法规及案件具体情况进行，旨在保护合法利息、限制高利贷息，并综合考虑各种因素来作出公正合理的判决。