结论前置：关于违约金和保证金能否并用的问题，需根据保证金的具体性质、合同约定以及法律法规的规定来综合判断。一般情况下，若保证金具有定金性质，则违约金和保证金不能并用；若保证金不具有定金性质，且合同有明确约定且不违反法律强制性规定，则可以同时适用。以下是对这一问题的详细分析：
一、保证金与违约金的定义及性质
保证金：保证金并非严格的法律概念，其性质依双方约定而定。它可能具有担保属性（如合同履行保证金），也可能兼具预付款等其他性质。当保证金具有定金性质时，其适用规则与定金相同。
违约金：是合同中约定的，当一方违约时，应向另一方支付的固定金额或计算方式确定的金钱赔偿。违约金旨在弥补守约方因违约行为所遭受的损失，并具有一定的惩罚性。
二、保证金不同性质下的处理原则
保证金具有定金性质：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十八条的规定，当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款，但不能同时主张。这是因为定金和违约金均具备担保债务履行及惩罚违约行为的双重性质，允许二者并用可能导致违约方承担过重的赔偿责任，有违公平原则及合理补偿受损方损失的立法初衷。
- 示例：甲与乙签订买卖合同，约定乙向甲支付保证金1万元作为定金，并约定违约金1.5万元。若乙违约，甲只能选择定金罚则（不退还1万元）或要求乙支付1.5万元违约金中的一种。
保证金不具有定金性质：
- 当保证金不具有定金性质时，法律并未明确禁止保证金与违约金并用。此时，若合同中有明确约定保证金和违约金可以同时适用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，守约方可以同时主张。但需注意，根据公平原则和诚实信用原则，如果同时主张导致违约责任过分高于造成的损失，违约方可以请求法院或仲裁机构适当减少。
- 示例：甲与乙签订租赁合同，约定乙支付保证金5000元作为房屋设施完好的担保，并约定若乙损坏房屋设施需支付违约金。若乙损坏房屋设施，甲可以同时主张扣除保证金和要求乙支付违约金，但若违约金过高，乙可以请求法院或仲裁机构适当减少。
三、实践中的处理与建议
- 在实践中，应综合考虑合同约定、实际损失以及法律法规等因素来选择适用保证金或违约金。如果保证金足以覆盖守约方的损失，通常会优先考虑扣除保证金作为赔偿；如果保证金不足以覆盖损失，可能会再主张违约金来弥补差额。
- 双方当事人在签订合同时，应明确保证金的性质和用途，以及违约金的具体数额和计算方式，以避免后续争议。同时，可以在合同中约定保证金和违约金是否可以同时适用，以及适用的条件和限制。
四、特殊情况下的例外
- 存在特殊情况，如双方当事人在合同中有特别约定可以同时主张保证金和违约金，或者法律法规有明确规定可以同时适用的情形，此时二者可以兼得。但需注意的是，即使存在特别约定或法律规定，也应遵循公平原则和诚实信用原则，确保违约责任的承担不过分高于造成的实际损失。
综上所述，违约金和保证金能否并用需根据具体情况而定。在实际操作中，建议双方当事人充分了解相关法律法规和合同条款，并在必要时向我咨询，以确保自身权益得到妥善保护。