针对机构聘用未注册但有医师资格证的医生，其处罚措施主要依据相关法律法规进行，具体如下：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国医师法》的相关规定，医师必须经注册后，方可在医疗卫生机构中按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业，从事相应的医疗卫生服务。若机构聘用未注册的医生，即使该医生持有医师资格证，也属于违法行为。
- 卫生行政部门有权对聘用未注册医生的机构进行行政处罚，包括但不限于警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。具体处罚力度会根据违法情节的严重程度、造成的后果等因素综合考量。
民事责任：
- 若因聘用未注册医生导致患者受到损害，机构可能需要承担相应的民事赔偿责任。这包括赔偿患者因医疗损害而产生的医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等各项费用。
- 在民事赔偿中，机构需证明其已尽到合理的审查义务，否则可能面临更重的赔偿责任。若机构无法证明其已尽审查义务，法院可能会推定机构存在过错，并据此判决机构承担赔偿责任。
刑事责任（极端情况下）：
- 在极端情况下，如因聘用未注册医生导致严重医疗事故，且该事故构成犯罪的，机构及其相关责任人员可能面临刑事责任的追究。这通常涉及医疗事故罪等罪名，具体刑罚会根据犯罪情节的严重程度、造成的后果等因素由法院判决。
法律建议：
- 机构应严格遵守法律法规：在聘用医生时，务必确保医生已注册并具备相应的执业资格。同时，机构应建立完善的审查机制，对医生的执业资格进行定期审核和更新。
- 加强内部管理：机构应加强对医生的管理和培训，确保医生在执业过程中遵守法律法规和诊疗规范。对于发现的违法行为或不当行为，应及时进行纠正和处理。
- 积极应对法律纠纷：若机构因聘用未注册医生而面临法律纠纷，应积极配合相关部门的调查和处理工作，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。
可能面临的法律后果总结：
聘用未注册但有医师资格证的医生，机构可能面临行政处罚、民事赔偿以及极端情况下的刑事责任追究。因此，机构应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保医生的执业资格合法有效，以避免不必要的法律风险和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。