特别约定效力大于一般条款的规定，主要来源于《中华人民共和国民法典》的相关规定。具体来说：
《民法典》第四百七十条：该条款规定了合同的内容一般包括哪些条款，但同时也明确指出，当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。这意味着，在合同订立过程中，当事人有较大的自由度来约定合同的具体内容，包括特别约定。当特别约定与一般条款存在冲突时，由于特别约定是当事人针对特定事项作出的具体、明确的约定，因此其效力通常会被认为优于一般条款。
《民法典》第五百四十三条：该条款规定，当事人协商一致，可以变更合同。这进一步体现了合同自由原则，即当事人有权根据自己的意愿和实际情况，对合同内容进行变更和调整。如果当事人在合同中作出了特别约定，并且这一约定是双方协商一致的结果，那么当这一特别约定与合同中的一般条款发生冲突时，特别约定应当具有优先效力。
法律原则与合同解释规则：在合同解释方面，当合同条款存在歧义或冲突时，应当倾向于保护相对弱势方的利益，以及体现当事人真实意思表示的条款。特别约定往往是当事人针对特定事项作出的具体、明确的约定，更能反映当事人的真实意愿。因此，在解释合同时，如果特别约定与一般条款存在冲突，通常会倾向于认为特别约定的效力更高。
实际应用中的注意事项：
特别约定的明确性：为了确保特别约定的效力，当事人在订立合同时应当确保特别约定的内容明确、具体，避免使用模糊、歧义的表述。
特别约定的合法性：特别约定不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。否则，该特别约定将被认定为无效。
合同变更的书面形式：如果当事人需要对合同中的特别约定进行变更，建议采用书面形式进行确认，以避免未来可能出现的纠纷。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中一般条款规定交货时间为“合同签订后30日内”，但双方又在特别约定中明确“由于乙方生产需要，交货时间延长至合同签订后60日内”。在这种情况下，如果双方对交货时间产生争议，应当依据特别约定的内容来确定交货时间，即合同签订后60日内。
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