结论：在合同约定仲裁且合同相对方为分公司的情况下，能否将总公司一并申请仲裁，需根据具体情况判断。一般来说，若分公司具有独立承担民事责任的能力，则通常不能直接将总公司列为仲裁被申请人；但若分公司无法独立承担责任，或存在其他特殊情形，则可能可以将总公司一并申请仲裁。
分析说明：
分公司独立承担民事责任的情况：
- 根据《公司法》及相关法律规定，分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，但其通常可以在总公司的授权范围内独立开展经营活动，并承担一定的民事责任。
- 若合同是由分公司以自己的名义签订，且分公司具有足够的财产和权限来独立承担合同责任，那么在发生纠纷时，仲裁机构通常只会将分公司列为被申请人。
- 在此情况下，若要将总公司一并申请仲裁，需要证明总公司与分公司之间存在共同的责任或总公司对分公司的行为负有直接责任，这通常比较困难。
分公司无法独立承担民事责任的情况：
- 若分公司没有独立的财产或权限，或者其财产不足以承担合同责任，那么根据法律规定，总公司可能需要对其分公司的债务承担连带责任。
- 在此情况下，若合同纠纷涉及分公司的债务，且分公司无法独立承担，那么仲裁申请人可以考虑将总公司一并申请仲裁，以寻求更全面的救济。
其他特殊情形：
- 除了上述两种情况外，还存在一些特殊情形可能允许将总公司一并申请仲裁。例如，若合同中明确约定了总公司对分公司的行为承担连带责任，或者总公司以某种方式参与了合同的签订或履行过程，并因此与纠纷有直接关联。
- 在这些情况下，仲裁机构可能会根据合同的约定或实际情况，将总公司列为共同被申请人。
法律建议：
- 在签订合同时，应明确约定合同双方的责任和义务，以及纠纷解决方式（如仲裁）。若希望将总公司也纳入纠纷解决的范围，应在合同中明确约定。
- 在发生纠纷时，应仔细审查合同条款和分公司的实际情况，以确定是否可以将总公司一并申请仲裁。若存在疑问或不确定的情况，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
- 若决定将总公司一并申请仲裁，应准备充分的证据来证明总公司与纠纷有直接关联或应对分公司的行为承担连带责任。
可能后果：
- 若未经充分审查和准备就将总公司一并申请仲裁，可能会面临仲裁机构不予受理或驳回申请的风险。
- 即使仲裁机构受理了申请，若无法提供充分的证据来证明总公司与纠纷的关联或责任，也可能导致仲裁结果不利。
因此，在决定是否将总公司一并申请仲裁时，应谨慎考虑并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。