工会疗养费用一般不可以直接从行政部门扣，需根据具体资金来源和财务制度处理。以下从不同角度展开分析：

1. 工会经费的独立性
   根据《工会法》及财务制度，工会经费是独立于行政经费的专项资金，由工会独立管理。工会疗养费用属于工会会员福利范畴，通常应从工会经费中列支，而非直接由行政部门承担或扣款。若强行从行政部门扣款，可能涉及财务违规或挪用资金问题。

2. 资金来源的合法性

   • 若工会经费充足且符合预算，应优先通过工会账户支付疗养费用；
     
   • 若工会经费不足，需通过合法程序申请行政补助（如工会与行政协商后，由行政额外拨款至工会账户），而非直接扣款；
     
   • 严禁以“扣款”形式将行政资金转入工会账户，此行为可能违反《预算法》或《工会法》中关于资金专款专用的规定。

3. 特殊情况的处理
   若企业与工会通过集体合同约定“行政承担部分疗养费用”，需满足以下条件：

   • 合同条款明确且经职工代表大会审议通过；
     
   • 费用列入企业年度预算并经审计合规；
     
   • 支付流程符合财务制度（如通过企业账户直接支付至服务方，而非从行政账户扣至工会）。

建议行动：

• 工会应先核查自身经费余额及预算安排；
  
• 若需行政支持，应通过正式协商程序申请补助，而非单方面扣款；
  
• 企业行政方需审查资金支付是否符合财务合规要求，避免法律风险。
  

如有进一步细节（如企业性质、合同约定等），可提供更多信息以便针对性分析。