结论：学校要求签三方协议，后面辞职了通常不会影响毕业，但具体还需看学校规定及三方协议中的相关条款。以下从多个角度为你详细分析：
一、三方协议的性质与目的
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要解决的是毕业生毕业后到用人单位就业的问题，是毕业生与用人单位之间确立劳动关系的初步意向，并不等同于劳动合同。因此，从本质上讲，三方协议的签订与毕业生的毕业资格并无直接关联。
二、辞职对毕业的影响
学校规定角度：
- 大多数学校并不会因为学生辞职而剥夺其毕业资格。学校的主要关注点是学生的学业完成情况、学分修满情况以及是否满足毕业的其他条件。
- 但也有少数学校可能将学生的就业情况作为毕业考核的一部分，不过这种情况较为罕见，且通常会有明确的说明和规定。
三方协议条款角度：
- 三方协议中可能会包含一些关于违约的条款，如违约金、解约条件等。但这些条款主要约束的是毕业生与用人单位之间的行为，与学校是否授予毕业资格无直接联系。
- 如果毕业生在辞职过程中违反了三方协议中的某些条款，可能需要承担相应的违约责任，但这并不影响其毕业资格。
三、特殊情况下的考虑
- 如果学校有明确规定：虽然大多数学校不会将辞职与毕业资格挂钩，但如果学校有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么毕业生需要遵守学校的规定。不过，这种情况下的规定应当合理且明确告知学生。
- 如果三方协议中有特殊约定：如果三方协议中明确约定了辞职将影响毕业资格等特殊条款，且这些条款是双方自愿、平等、协商一致的结果，那么毕业生在签订协议时应当谨慎考虑。但即便如此，这样的条款也可能因违反法律法规的强制性规定或公序良俗而被认定为无效。
四、建议与注意事项
- 仔细阅读三方协议：在签订三方协议前，务必仔细阅读协议条款，特别是关于违约责任和解约条件的部分。
- 与学校沟通：如果对学校的毕业规定或三方协议中的条款有疑问，建议及时与学校就业指导中心或相关部门沟通，了解清楚具体情况。
- 保留相关证据：在辞职过程中，注意保留好与用人单位的沟通记录、解约协议等相关证据，以备不时之需。
总结：学校要求签三方协议，后面辞职了通常不会影响毕业。但为了确保自身权益，建议你在签订三方协议前仔细阅读条款，并与学校和用人单位充分沟通。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。