结论概述：立案后个体工商户被注销，其法律后果及处理方式主要取决于注销的时间点、注销程序是否合法以及案件的具体情况。以下我将从多个角度详细分析这一问题。
一、注销时间点对案件的影响
注销发生在立案前：
- 若个体工商户在案件立案前已被合法注销，那么其作为诉讼主体的资格已不复存在。此时，若案件涉及该个体工商户的债务或责任，通常需要由其经营者（即原个体工商户的业主）作为被告或责任主体继续参与诉讼。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五十六条：“个体工商户的债务，个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担；无法区分的，以家庭财产承担。”因此，在个体工商户注销后，其债务应由经营者承担。
注销发生在立案后：
- 若个体工商户在案件立案后、判决前被注销，且注销程序合法，那么案件的处理将变得复杂。此时，法院可能会根据案件的具体情况，裁定中止诉讼或追加经营者为共同被告。
- 特殊情况：如果注销程序存在瑕疵，如未依法清算或存在恶意逃避债务等情形，法院可能会认定注销行为无效，并继续以个体工商户为诉讼主体进行审理。
二、注销程序合法性的审查
合法注销：
- 如果个体工商户的注销程序合法，即已依法完成清算、公告等程序，并办理了注销登记手续，那么其作为诉讼主体的资格已终止。此时，案件的处理应依据上述注销时间点的影响进行。
非法注销：
- 如果注销程序存在违法情形，如未依法清算、未公告或存在其他逃避债务的行为，那么注销行为可能被法院认定为无效。在此情况下，个体工商户仍可能被视为诉讼主体，继续参与案件审理。
- 法律后果：非法注销可能导致经营者承担个人责任，甚至可能面临行政处罚或刑事责任。
三、案件处理建议
对于原告：
- 如果发现被告个体工商户在立案后被注销，应及时向法院提出申请，要求追加经营者为共同被告或变更被告主体。
- 同时，应收集相关证据，证明注销行为的合法性或非法性，以便法院作出正确裁决。
对于被告（原个体工商户经营者）：
- 如果个体工商户已被合法注销，且案件涉及其债务或责任，应积极配合法院审理，承担相应的法律责任。
- 如果认为注销行为存在瑕疵或被非法注销，应及时向法院提出异议，并提供相关证据支持自己的主张。
四、实际操作中的注意事项
- 及时沟通：在案件审理过程中，如果发现个体工商户被注销的情况，应及时与法院沟通，了解案件处理进展和法院的意见。
- 证据收集：无论是原告还是被告，都应积极收集相关证据，以证明自己的主张或反驳对方的主张。
- 法律咨询：在处理此类复杂案件时，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
总结与启示：立案后个体工商户被注销是一个复杂且敏感的问题，其处理方式取决于注销的时间点、注销程序的合法性以及案件的具体情况。在处理此类案件时，应充分考虑各种因素，遵循法律程序，确保案件的公正、公平处理。如果您在处理此类案件时遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。