结论：身份在其他公司以员工身份代理关联公司出庭，这一行为在法律上通常是不被允许的，可能会面临被法院驳回代理申请、影响案件审理进程以及可能承担的法律责任等后果。
详细分析：
法律对诉讼代理人的规定：
- 根据我国《民事诉讼法》的相关规定，诉讼代理人通常应为律师、基层法律服务工作者，或者是当事人的近亲属、有关的社会团体或者所在单位推荐的人，以及经人民法院许可的其他公民。这里的关键在于，诉讼代理人需要与案件当事人有一定的法律关系或社会关系，并且需要得到法院的许可（在特定情况下）。
- 以员工身份代理关联公司出庭，并不直接符合上述法律规定的诉讼代理人身份要求。员工与关联公司之间虽然存在劳动关系，但这种关系并不直接等同于法律规定的可以担任诉讼代理人的关系。
可能面临的后果：
- 被法院驳回代理申请：如果法院认为员工不具备担任诉讼代理人的资格，或者关联公司未能提供充分的证据证明员工符合担任诉讼代理人的条件，法院可能会驳回代理申请，要求关联公司另行委托符合条件的诉讼代理人。
- 影响案件审理进程：如果员工未经许可擅自代理关联公司出庭，可能会被法院视为扰乱诉讼秩序的行为，从而影响案件的审理进程。在极端情况下，法院甚至可能对关联公司或员工本人采取相应的法律措施。
- 可能承担的法律责任：如果员工在代理过程中存在违法行为或不当行为，如伪造证据、妨碍诉讼等，可能会承担相应的法律责任，包括民事责任、行政责任甚至刑事责任。
建议与措施：
- 关联公司应委托符合条件的诉讼代理人：为了避免不必要的法律风险和麻烦，关联公司应委托具有法律资格和经验的律师或基层法律服务工作者担任诉讼代理人。
- 员工应了解并遵守法律规定：作为员工，应了解并遵守相关法律规定，不要擅自以员工身份代理关联公司出庭。如果确实需要参与诉讼活动，可以协助公司准备相关材料或提供其他形式的支持。
- 寻求专业法律帮助：如果关联公司或员工对诉讼代理人的选择或相关法律问题存在疑问或困惑，应及时寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到充分保障。
总结与进一步思考：
身份在其他公司以员工身份代理关联公司出庭是不被法律允许的，可能会面临一系列不利的法律后果。因此，关联公司和员工都应严格遵守相关法律规定，选择符合条件的诉讼代理人参与诉讼活动。如果遇到相关法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。