公司未实际缴纳公积金但个人所得税里显示有公积金扣款，这种行为不合法。以下从不同角度为你详细分析：

从公积金缴纳规定角度

根据《住房公积金管理条例》规定，单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。

公司有义务按照规定为职工缴纳住房公积金，这是法定的强制性义务。即使公司在个人所得税申报时显示有公积金扣款，但如果没有实际向住房公积金管理中心缴纳相应款项，就违反了上述规定，属于违法行为。

从税务与公积金缴纳关系角度

个人所得税申报中显示公积金扣款，这只是公司在税务申报环节按照一定比例进行了扣除项目的申报，但这并不等同于公司已经实际履行了公积金缴纳义务。税务申报和公积金缴纳是两个不同的行政管理体系和操作流程。

税务部门主要关注个人所得税的计算和征收，对于公积金是否实际缴纳并不直接在税务申报环节进行实质审查。而住房公积金管理中心才是负责监督和管理公积金缴纳的专门机构。所以，不能因为个人所得税申报中有公积金扣款就认为公司已经合法缴纳了公积金。

从劳动者权益保护角度

住房公积金是职工的一项重要福利权益，对于职工购房、租房等有着重要的支持作用。公司未实际缴纳公积金，损害了劳动者依法享受住房公积金待遇的合法权益。

劳动者有权要求公司补缴欠缴的住房公积金。如果公司拒绝补缴，劳动者可以向当地住房公积金管理中心投诉举报，住房公积金管理中心会依法进行调查处理，责令公司限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。

如果你遇到这种情况，可以先与公司沟通协商，要求公司说明情况并补缴公积金；如果协商无果，可以向住房公积金管理中心反映问题，维护自己的合法权益。要是还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。