针对您提出的“村干部违反规定承包工程怎么处理”的问题，这是一个涉及法律法规、党纪政纪以及村规民约等多个层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律法规层面的处理
合规性审查：
- 首先，需要审查村干部承包工程的行为是否符合相关法律法规的要求。我国法律并未明确禁止村干部承包工程，但要求承包程序必须合法合规，包括持有依法取得的资质证书、在资质等级许可的业务范围内承揽工程等。
- 若工程达到法定招标规模标准，必须进行招标，并遵循公平、公正、公开和诚实信用的原则。村干部若利用职权干预招投标活动，为自己谋取承包机会，或未经法定招标程序直接承包工程，将违反《招标投标法》及相关法规。
法律后果承担：
- 对于违规承包工程的村干部，可能面临行政处罚或法律诉讼。若存在超越资质等级承揽工程、违规分包转包等行为，也将受到相应的法律制裁。
- 同时，村干部还需承担因违规行为给国家、集体或村民造成的损失而依法应负的赔偿责任。
二、党纪政纪层面的处理
廉洁纪律处分：
- 对于身为党员的村干部，利用职务便利违规承包工程，属于利用职权或者职务上的影响为本人谋取利益，违反了《中国共产党纪律处分条例》中的廉洁纪律。
- 根据违规情节的轻重，可能会受到警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等相应处分。
政务处分：
- 村干部作为依法履行公职的人员，若违规承包工程给集体利益造成重大损失，将违反《中华人民共和国公职人员政务处分法》。
- 根据情节轻重，可能给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等政务处分。
三、村规民约及相关制度层面的处理
村规民约约束：
- 每个村通常会制定村规民约以及关于村级工程管理的相关制度，对村干部的行为进行约束。
- 村干部在承包工程时，应遵守这些村规民约和内部制度，保证工程实施的公正性和透明性。
违规处理措施：
- 如果村干部违反村规民约和内部制度承包工程，应当按照相应规定接受处理。这可能包括在村民会议上进行检讨、取消承包资格、承担经济损失等。
四、综合处理建议
调查核实：
- 对于村干部违规承包工程的问题，首先应进行调查核实，收集相关证据，确保处理决定的准确性和公正性。
依法依规处理：
- 根据调查核实的结果，依法依规对违规村干部进行处理。这可能包括法律制裁、党纪政纪处分以及村规民约规定的处理措施。
加强监督与管理：
- 为防止类似问题再次发生，应加强对村干部承包工程的监督与管理，确保承包程序的合法性和合规性。同时，加强村务公开和透明度建设，接受村民的监督。
综上所述，村干部违反规定承包工程将面临法律法规、党纪政纪以及村规民约等多方面的处理。为确保处理决定的准确性和公正性，应依法依规进行调查核实和处理，并加强监督与管理以防止类似问题再次发生。