结论：被起诉的多个案件在执行完毕后，可以单独开具结清证明，但具体能否开具以及开具的方式和流程，需根据案件的具体情况、执行法院的要求以及相关法律法规的规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：

一、结清证明的法律意义

结清证明是证明债务已经履行完毕、双方债权债务关系已经消灭的法律文件。在民事诉讼和执行程序中，结清证明对于确认案件执行完毕、终结执行程序具有重要意义。它不仅是债务人履行义务的凭证，也是债权人确认债权得到实现的依据。

二、能否单独开具结清证明

1. 单个案件执行完毕：

   • 对于单个案件，如果债务已经全部履行完毕，执行法院通常会根据申请或依职权出具执行完毕通知书或结案证明，这可以视为一种结清证明。
   • 如果需要更正式的结清证明，可以向执行法院提出申请，法院在核实债务履行情况后，可以出具单独的结清证明。

2. 多个案件执行完毕：

   • 对于被起诉的多个案件，如果每个案件都独立执行完毕，且债务均已全部履行，那么理论上每个案件都可以单独开具结清证明。
   • 实际操作中，可能需要分别向每个案件的执行法院提出申请，并提供相应的债务履行证据，如付款凭证、执行和解协议等。

三、开具结清证明的流程和注意事项

1. 流程：

   • 向执行法院提出申请，说明需要开具结清证明的原因和案件情况。
   • 提供债务履行完毕的证据，如付款凭证、执行和解协议、执行法院出具的执行完毕通知书等。
   • 执行法院在核实证据后，如果确认债务已经履行完毕，会出具结清证明。

2. 注意事项：

   • 确保提供的证据真实、完整、有效，能够充分证明债务已经履行完毕。
   • 如果案件涉及多个债权人或债务人，需要确保所有相关方都同意开具结清证明，并可能需要在结清证明上签字或盖章确认。
   • 结清证明的内容应明确、具体，包括案件名称、案号、债务金额、履行情况、开具日期等关键信息。

四、特殊情况下的处理

1. 案件存在争议或未完全履行：

   • 如果案件存在争议或债务未完全履行，执行法院可能不会出具结清证明。此时，需要先解决争议或履行剩余债务，再申请开具结清证明。

2. 执行法院要求不同：

   • 不同地区的执行法院可能对开具结清证明的要求和流程有所不同。因此，在申请前最好先咨询执行法院或查阅相关法律法规和司法解释，了解具体的要求和流程。

建议：如果您需要开具结清证明，建议先与执行法院沟通确认具体要求和流程，并准备好相应的证据材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。