如果合同内容违法，那么基于该违法合同所签订的保密协议通常是无效的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 合同效力的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同是无效的。这意味着，如果合同本身的内容就违反了法律或行政法规的强制性规定，那么该合同从一开始就不具有法律效力。
   • 保密协议作为合同的一种，其效力同样受到上述原则的约束。如果保密协议是基于一个违法的合同而签订的，那么该保密协议也很可能因为主合同的违法性而无效。

2. 保密协议的独立性：

   • 尽管保密协议可能作为主合同的一个附件或补充协议存在，但它本身也是一个独立的合同。然而，这种独立性并不意味着保密协议可以完全脱离主合同的法律性质。
   • 如果主合同违法，且保密协议的内容与主合同的违法性有直接关联，或者保密协议本身也违反了法律、行政法规的强制性规定，那么保密协议同样无效。

3. 具体案例分析：

   • 假设有一个合同，其内容涉及非法交易或欺诈行为。基于这个违法合同，双方又签订了一个保密协议，约定对交易细节进行保密。在这个情况下，由于主合同违法，保密协议也很可能因为与主合同的违法性有关联而被认定为无效。
   • 另一方面，如果保密协议的内容本身并不违法，且与主合同的违法性无直接关联（例如，保密协议只是约定对某些商业秘密进行保密，而这些商业秘密并不涉及主合同的违法内容），那么保密协议可能在一定程度上保持其有效性。但这种情况较为特殊，且需要具体分析保密协议的具体内容和背景。

4. 法律后果与建议：

   • 如果保密协议被认定为无效，那么双方将不再受其约束。这意味着，任何一方都有权公开原本需要保密的信息，且无需承担违约责任。
   • 对于涉及违法合同的保密协议问题，我建议双方首先咨询专业律师，对合同和保密协议的法律性质进行全面评估。如果确实存在违法性，那么双方应尽快采取措施，如重新协商、修改合同或保密协议，以避免可能的法律风险和损失。

总结来说，如果合同内容违法，那么基于该违法合同所签订的保密协议通常是无效的。但具体情况还需根据保密协议的具体内容和背景进行具体分析。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。