结论：公司按社保最低基数缴纳是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 若员工实际工资等于或低于当地社保最低缴费基数，公司按最低基数缴纳合法
   根据《社会保险法》及地方规定，社保缴费基数通常以员工上年度月平均工资为基准，但设有上下限。若员工实际工资低于当地公布的社保最低缴费基数（如当地社平工资的60%），公司可按最低基数缴纳，此时不违法。例如，某地社平工资为8000元，最低缴费基数为4800元，若员工月工资为4500元，公司按4800元缴纳符合规定。

2. 若员工实际工资高于最低基数，公司仍按最低基数缴纳则违法
   若员工实际工资高于当地最低缴费基数，公司应按员工实际工资申报缴费基数。若公司故意隐瞒或虚报工资，以最低基数缴纳，属于未足额缴纳社保的行为，违反《社会保险法》第六十条、第六十二条，员工可要求公司补缴差额，并可能面临社保部门处罚（如罚款、滞纳金）。例如，员工月工资为10000元，但公司按4800元缴纳，则构成违法。

实务建议：

• 员工角度：若发现公司未足额缴纳社保，可先与公司协商补缴；协商不成，可向当地社保部门投诉（需提供工资流水、劳动合同等证据），或通过劳动仲裁主张权益。
  
• 公司角度：应定期自查社保缴费基数是否与员工实际工资一致，避免因违规操作面临法律风险。若因经营困难需调整缴费基数，需与员工协商并符合地方政策（如部分地区允许阶段性缓缴或降低比例，但需经审批）。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。