当乙方发现合同丢失后，为了有效维护自身权益并确保合同的法律效力不受影响，可以按照以下步骤来处理：
一、立即与甲方沟通
及时告知：乙方应第一时间与合同相对方（甲方）取得联系，坦诚地说明合同丢失的情况，并表达出积极解决问题的意愿。
协商补救措施：双方可以共同协商补签合同、复印原合同副本或采取其他补救措施。在沟通过程中，务必保留好邮件、短信、通话录音等记录，以备后续需要。
二、全面查找合同备份与证据
内部搜索：乙方应仔细检查公司内部的文档管理系统、存储设备等，看是否能找到合同的电子备份、复印件、扫描件或相关往来文件。
请求甲方协助：如果内部未找到备份，乙方可以向甲方提出请求，希望其能提供一份合同副本，并确保该副本具有法律效力，如加盖与原件相同的印章或签字注明“与原件一致”。
收集间接证据：乙方还可以收集交易凭证（如发票、收据、银行转账记录）、往来函件（如邮件、短信）、履行记录（如货物交付单、验收报告）等，这些都能在一定程度上证明合同关系的存在及具体内容。
三、考虑合同备案与第三方备份
合同备案：如果合同已经过相关部门的备案，如房屋买卖合同、建设工程合同等，乙方可以到备案机关申请查阅并复印备案的合同文本。
第三方备份：若合同是通过第三方平台签订或在第三方见证下订立，乙方可以联系第三方请求提供合同备份。
四、专业咨询与法律援助
法律咨询：面对重大合同或可能产生的法律纠纷，乙方应及时咨询专业律师，了解补办合同、构建证据链或采取其他补救措施的具体途径。
政府部门咨询：根据具体情况，乙方也可以向相关政府部门咨询合同丢失的处理办法和程序，获取官方指导。
五、重新签订合同（如必要）
双方协商：在甲方同意的情况下，双方可以协商重新签订一份内容与原合同一致的合同，以确保双方权益得到保障。
明确原合同作废：在重新签订合同时，应明确声明原合同作废，并在新合同中注明原合同的签订日期、编号及补签原因，以避免日后产生不必要的纠纷。
六、特殊情况下的处理
登报公示：在某些情况下，为减少合同被他人恶意利用的风险，乙方可以考虑登报公示合同遗失信息。
补办手续：根据具体情况和相关机构的要求，乙方可能需要携带必要的证明文件进行补办手续，如申请证明书、登报声明等。
七、注意事项与后续管理
妥善保管相关资料：在整个处理过程中，乙方应妥善保存所有与合同相关的通信记录和文件，以备后续查证或法律程序使用。
加强合同管理：为避免合同丢失的再次发生，乙方应加强合同管理，确保合同文件的妥善保管和定期备份。
评估风险与成本：若通过上述方式仍无法解决问题，乙方在考虑通过法律途径解决时，应充分评估诉讼成本和潜在风险。
综上所述，乙方在合同丢失后应迅速采取行动，与甲方积极沟通并全面查找合同备份与其他证据。同时，寻求专业咨询与法律援助也是至关重要的。在必要时，可考虑重新签订合同或采取特殊处理措施，以确保自身权益得到有效保护。