结论前置：公司在新员工入职三个月后才签订劳动合同的行为，一般是不合法的。

法律背景与解释：

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并且应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。这是法律对用人单位与劳动者签订书面劳动合同的明确时间要求，旨在保护劳动者的合法权益，确保双方的权利义务得到明确界定。

具体分析：

1. 时间要求：

   • 法律明确规定，用人单位应在用工之日起一个月内与劳动者签订书面劳动合同。如果超过这个时间限制，用人单位就可能面临法律责任。

2. 法律后果：

   • 如果公司在新员工入职三个月后才签订劳动合同，那么从用工之日起满一个月的次日至签订劳动合同的前一日，公司应当向劳动者每月支付二倍的工资。这是法律对用人单位未按时签订劳动合同的惩罚性规定。
   • 此外，如果因为未签订劳动合同而导致劳动者权益受损，公司还可能面临其他法律责任，如赔偿劳动者因此遭受的损失等。

3. 实际操作建议：

   • 对于公司而言，应当严格遵守法律规定，及时与新员工签订书面劳动合同，以避免不必要的法律风险和经济损失。
   • 对于劳动者而言，如果公司未按时签订劳动合同，可以与公司协商要求签订，并保留好相关证据（如工作证、工资条等），以便在必要时维护自己的合法权益。

特殊情况说明：

虽然一般情况下公司应在用工之日起一个月内签订劳动合同，但也存在一些特殊情况，如劳动者拒绝签订、因不可抗力等原因导致无法及时签订等。然而，这些情况并不常见，且公司需要承担相应的举证责任来证明其未按时签订劳动合同的合理性。

总结与建议：

公司在新员工入职三个月后才签订劳动合同的行为是不合法的，可能面临支付二倍工资等法律责任。因此，我建议公司应严格遵守法律规定，及时与新员工签订书面劳动合同；同时，劳动者也应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。