结论：三年后能否起诉“小三”，需根据具体诉求和法律关系来判断，主要涉及两种法律路径——侵权责任纠纷或返还财产纠纷，不同路径下诉讼时效和胜诉可能性存在差异。以下从法律关系、诉讼时效、举证要点三个角度展开分析：

一、若以“侵犯配偶权”为由起诉“小三”，可能因诉讼时效届满而败诉

根据《民法典》第188条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。若配偶在发现“小三”存在插足婚姻行为（如与配偶同居、保持不正当关系）后，三年内未提起侵权诉讼（如主张精神损害赔偿），则超过诉讼时效，法院可能驳回诉求。
例外情形：若“小三”的行为持续存在（如长期同居），诉讼时效可能从行为终止之日起计算，但需提供证据证明行为持续状态（如聊天记录、证人证言等）。

二、若以“返还财产”为由起诉“小三”，需区分财产性质及转移时间

若配偶在婚姻关系存续期间，擅自将夫妻共同财产（如工资、房产、车辆等）赠与“小三”，原配可依据《民法典》第1062条（夫妻共同财产平等处理权）及第153条（违背公序良俗的民事法律行为无效），主张“小三”返还全部财产。此时诉讼时效的起算点为：

1. 知道或应当知道财产被转移之日：若原配在三年内发现财产赠与行为，可随时起诉；
   
2. 财产转移行为持续中：若配偶持续向“小三”转账（如每月支付生活费），诉讼时效从最后一次转账之日起计算三年。
   

关键证据：需证明财产转移行为存在（如银行流水、转账记录）、财产属于夫妻共同财产（如结婚证、财产登记证明）、赠与行为违背公序良俗（如同居证据、亲密照片等）。

三、实务建议：结合诉求选择策略，优先固定证据

1. 明确诉求：若以“侵权”起诉，需评估是否超过三年时效；若以“返还财产”起诉，需梳理财产转移时间线；
   
2. 固定证据：尽快收集“小三”与配偶的不正当关系证据（如聊天记录、录音、证人证言）、财产转移证据（如转账记录、赠与合同）；
   
3. 及时行动：若发现财产被转移，建议立即委托律师发送律师函或提起诉讼，避免时效问题；若时效已临近，可尝试通过协商、调解等方式固定事实，再通过法律途径解决。
   

总结：三年后能否起诉“小三”，取决于具体诉求和证据情况。若涉及侵权赔偿，可能因时效问题败诉；若涉及返还财产，需结合财产转移时间判断时效。建议根据实际情况，尽快咨询专业律师制定诉讼策略。