结论：在货物买卖合同纠纷中，一般不能直接扣除货款用于履约保证金，除非合同中有明确约定且该约定不违反法律法规的强制性规定。下面我将从多个角度详细分析这一问题。
一、合同约定优先
在货物买卖合同中，双方的权利和义务主要由合同条款来约定。如果合同中明确规定了可以扣除货款作为履约保证金，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法在法律上是可行的。但需要注意的是，合同中的这种约定必须明确、具体，且双方在签订合同时都应当对此有清晰的认识和理解。
二、法律法规的限制
保证金性质：履约保证金通常是为了确保合同的履行而由一方支付给另一方的资金。它不同于货款，货款是买方为了购买货物而支付给卖方的对价。因此，除非合同有特别约定，否则货款和履约保证金在性质上是不同的，不能随意相互抵扣。
法定权利与义务：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。如果一方未经对方同意，擅自扣除货款作为履约保证金，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：如果双方确实希望在合同中约定扣除货款作为履约保证金，那么应当在合同中明确约定扣除的条件、方式、比例等具体事项，以避免后续产生纠纷。
合法合规：在约定扣除货款作为履约保证金时，必须确保这种约定不违反法律法规的强制性规定，否则该约定可能无效。
及时沟通：在合同履行过程中，如果一方希望扣除货款作为履约保证金，应当及时与对方进行沟通协商，取得对方的同意和理解。
四、可能的法律后果
如果一方未经对方同意，擅自扣除货款作为履约保证金，可能面临以下法律后果：
违约责任：根据合同约定和法律法规的规定，擅自扣除货款的一方可能需要承担违约责任，包括赔偿对方因此遭受的损失等。
合同解除：在严重情况下，对方可能有权解除合同，并要求擅自扣除货款的一方承担因此产生的全部损失。
建议：在货物买卖合同中，双方应当谨慎约定扣除货款作为履约保证金的事项，并确保这种约定合法合规、明确具体。如果在实际操作中遇到相关问题或纠纷，建议及时咨询专业律师（即我本人，梁俊景律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），以便更好地维护自己的合法权益。