在留置期间发现被调查人存在男女关系问题，即涉及违反生活纪律或道德规范的情况，其处置方式需结合具体案情、相关法律法规以及纪检监察机关的办案程序来综合考量。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、初步核实与评估

1. 信息收集：纪检监察机关在留置期间，会通过谈话、调取资料、询问相关人员等方式，全面收集被调查人的相关信息，包括其生活作风、男女关系等方面的情况。

2. 问题评估：根据收集到的信息，评估该男女关系问题是否构成违纪违法，以及违纪违法的性质、情节和后果。这通常涉及对被调查人行为是否违反党纪国法、是否造成不良影响等方面的判断。

二、分类处置

1. 若构成违纪违法：

   • 纪律处分：根据违纪违法的性质和情节，依据党纪国法给予相应的纪律处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。
   • 法律追究：若该行为同时触犯法律，如构成重婚、破坏军婚等犯罪，纪检监察机关会将案件移送司法机关依法处理。

2. 若不构成违纪违法，但造成不良影响：

   • 批评教育：对被调查人进行批评教育，指出其行为的错误性和不良影响，要求其改正错误，端正生活作风。
   • 组织处理：根据具体情况，可能采取调整职务、免职等组织处理措施，以维护组织的形象和纪律的严肃性。

3. 若不构成违纪违法且未造成不良影响：

   • 记录在案：将相关情况记录在案，作为对被调查人全面了解的一部分，但通常不采取进一步的处置措施。
   • 保密处理：确保相关信息不被泄露，保护被调查人的隐私权。

三、程序要求

1. 依法依规：整个处置过程必须严格遵守党纪国法，确保程序的合法性和正当性。

2. 证据确凿：在作出处置决定前，必须确保有充分的证据支持，避免冤假错案的发生。

3. 权利保障：保障被调查人的合法权益，如知情权、申辩权等，确保处置决定的公正性和合理性。

四、实际案例参考

以您提供的案例为例，于一在留置期间被发现有婚外情，这属于违反生活纪律的行为。纪检监察机关在查实后，根据其违纪违法的性质和情节，给予了相应的纪律处分，并将其涉嫌受贿犯罪的问题移送检察机关依法审查起诉。这一案例体现了纪检监察机关在处置类似问题时，既注重纪律处分，又依法追究法律责任的全面性和严肃性。

五、总结与建议

1. 总结：留置期间发现男女关系问题，其处置方式需根据具体情况进行分类处理，既要依法依规给予纪律处分或法律追究，又要注重保护被调查人的合法权益。

2. 建议：对于纪检监察机关而言，应加强日常监督和教育，引导公职人员树立正确的价值观和生活观，预防类似问题的发生。同时，在处置过程中应注重程序公正和证据确凿，确保处置决定的合法性和合理性。