公司法人私下签订协议未通过股东，该协议的效力需分情况讨论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、协议有效的情形
法人具有相应授权：
- 如果公司法人（如董事长、总经理等）在签订协议时，已经获得了公司股东会或董事会的明确授权，且该授权范围涵盖了协议所涉及的内容，那么该协议通常是有效的。因为此时法人的行为代表了公司的意志，股东会或董事会的授权是法人行为合法性的基础。
协议内容不涉及股东权益变动：
- 如果协议内容主要涉及公司日常经营、管理或合作等事项，且不涉及股东权益的变动（如股权转让、增资扩股等），那么即使法人私下签订，只要协议内容合法、意思表示真实，该协议在股东之间及公司内部通常也是有效的。但需注意，若协议内容涉及公司外部关系或需要履行特定程序（如对外担保需经股东会决议），则还需满足相关法律规定和程序要求。
事后得到股东追认：
- 如果法人私下签订协议后，该协议得到了公司股东会或董事会的追认，即股东们通过决议或其他方式表示同意该协议的内容和效力，那么该协议也将被视为有效。追认行为是对法人先前行为的认可，使得协议获得了合法的效力基础。
二、协议无效或可撤销的情形
法人无权代理或超越代理权：
- 如果公司法人未经授权或超越授权范围签订协议，且事后未得到股东会或董事会的追认，那么该协议可能因法人无权代理或超越代理权而无效。此时，法人的行为不能代表公司的意志，股东们有权拒绝承认该协议的效力。
协议内容违法或损害股东权益：
- 如果协议内容违反法律法规的强制性规定，或损害了公司、股东或第三人的利益，那么该协议可能因违法或损害权益而无效。例如，协议中约定从事违法犯罪活动、规避出资义务等条款均属无效。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果协议签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致股东或公司意思表示不真实，那么受欺诈或胁迫的一方有权请求撤销该协议。撤销后，该协议自始无效，对双方不再具有约束力。
三、特殊情况下的协议效力
涉及公司登记事项：
- 如果协议中的某些内容涉及公司登记事项（如股东出资额、股权结构等），且与工商登记不一致，原则上以工商登记为准对抗善意第三人。但在股东内部，协议仍具约束力，股东们应按照协议内容履行义务。然而，若因协议内容与工商登记不一致导致公司或股东遭受损失的，相关责任方需承担赔偿责任。
公司章程有特殊规定：
- 公司章程是公司的“宪法”，对股东、董事、监事等具有约束力。若协议内容与公司章程冲突，在不违反法律法规的前提下，以公司章程为准。但如果公司章程未禁止股东协议另行约定某些事项，则协议中的相关约定在股东间仍然有效。
四、法律建议
明确授权范围：
- 公司应明确法人的授权范围，并在授权书中详细列明。法人应在授权范围内行使职权，避免无权代理或超越代理权的情况发生。
完善协议签订程序：
- 在签订涉及公司重大利益或股东权益变动的协议时，应严格按照公司章程和法律法规的规定履行程序要求。例如，召开股东会或董事会进行决议、签订书面协议并由股东签字或盖章等。
加强内部监督和管理：
- 公司应建立健全内部监督和管理机制，对法人的行为进行监督和约束。发现法人有违规行为时，应及时采取措施予以纠正并追究相关责任。
及时咨询专业律师：
- 在签订复杂或重要的协议时，建议及时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和风险评估，帮助公司规避潜在的法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。