关于法院判决中是否会将与建设单位合资建设的合作方认定为违反《城乡规划法》第四十条的建设主体，这并非一个绝对或单一的结论，而是需要根据具体案情和证据来综合判断的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 《城乡规划法》第四十条的适用对象：

   • 该条款主要规定的是在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的单位或个人，应当依法申请办理建设工程规划许可证。
   • 若合作方在合资建设过程中，实际参与了建设活动，且该建设活动未依法取得建设工程规划许可证，那么合作方有可能被认定为违反该条款的建设主体之一。

2. 合资建设合同的约定：

   • 合资建设合同中通常会明确各方的权利和义务，包括建设活动的具体实施方、规划许可证的申请责任等。
   • 如果合同中明确约定合作方不参与建设活动，或建设活动的规划许可证申请由建设单位单独负责，那么合作方可能不会被直接认定为违反《城乡规划法》第四十条的建设主体。
   • 但若合同约定不明确，或合作方实际参与了建设活动且未履行相关规划许可义务，则可能面临被认定的风险。

3. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决时，会综合考虑合作方在建设活动中的实际参与程度、对规划许可的知晓和履行情况、是否存在过错等因素。
   • 如果合作方能够证明自己并未实际参与建设活动，或已尽到合理的规划许可申请和审查义务，那么法院可能不会将其认定为违反《城乡规划法》第四十条的建设主体。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在实际案例中，法院对于合资建设合作方是否构成违反《城乡规划法》第四十条的认定，往往取决于具体案情和证据。
   • 例如，如果合作方提供了充分的证据证明自己并未参与建设活动的规划、设计、施工等关键环节，且对建设单位未取得规划许可证的情况并不知情，那么法院可能不会将其认定为违法建设主体。

法律建议：

• 对于合资建设的合作方而言，为避免被认定为违反《城乡规划法》第四十条的建设主体，应在合资建设合同中明确各方的权利和义务，特别是关于规划许可证的申请和履行责任。
• 在建设过程中，合作方应加强对建设活动的监督和管理，确保建设活动依法进行，并及时留存相关证据以备不时之需。
• 若面临法律纠纷或诉讼，合作方应积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据证明自己的清白和合规性。

可能后果：

• 如果合作方被认定为违反《城乡规划法》第四十条的建设主体，可能面临责令停止建设、限期改正、罚款等行政处罚。
• 在严重情况下，还可能承担刑事责任或民事赔偿责任。

因此，合资建设的合作方应高度重视规划许可的申请和履行工作，确保建设活动的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。