企业因土地租赁合同纠纷被无故拆除房屋及附属物，赔偿款的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 确认拆除行为的合法性
   若拆除行为被认定为违法（如未取得合法拆迁手续、超出执行范围等），您有权主张全额赔偿，包括房屋重置成本、附属物价值、停产停业损失及搬迁费用等。需通过行政诉讼或民事诉讼确认拆除违法性，再依据《民法典》第1184条（财产损失计算规则）及《国家赔偿法》主张赔偿。

2. 若拆除行为合法但程序违法
   若拆除基于生效法律文书（如法院判决、行政强制决定），但执行程序存在瑕疵（如未提前通知、未清点财物），您可主张程序性赔偿，要求对因程序违法导致的额外损失（如财物毁损、临时安置费用）进行补偿。需在执行异议之诉或国家赔偿程序中提出。

3. 合同纠纷与赔偿的关联性
   若拆除源于土地租赁合同纠纷（如对方主张您违约而自行拆除），需先审查合同条款及违约事实：

   • 若对方无权拆除（如合同未约定解除权或未通过法定程序解除），可主张其构成侵权，要求赔偿房屋及附属物损失；
     
   • 若您确实违约，对方拆除行为仍需符合法定程序（如提前通知、公证保全财物），否则仍需对程序违法部分承担赔偿责任。

4. 赔偿款计算与证据固定

   • 房屋价值：以评估报告为准，或参考周边类似房屋市场价；
     
   • 附属物损失：需提供购买凭证、照片或视频等证明其存在及价值；
     
   • 停产停业损失：根据企业前三年平均利润或税务申报记录计算；
     
   • 搬迁费用：保留实际支出票据。
     提示：若财物被毁损，需立即报警并要求公安机关固定证据，避免后续举证困难。

5. 维权路径选择

   • 协商调解：优先通过当地人民调解委员会或行业协会介入，快速解决赔偿争议；
     
   • 民事诉讼：以侵权或违约为由起诉对方，要求赔偿损失（需在知道权益受损之日起3年内起诉）；
     
   • 行政诉讼：若拆除涉及行政机关（如城管部门），可一并起诉行政行为违法并要求国家赔偿；
     
   • 刑事控告：若对方故意毁坏财物且数额较大（通常5000元以上），可向公安机关报案追究其刑事责任，同时提起刑事附带民事诉讼要求赔偿。

行动建议：

1. 立即收集拆除现场照片、视频、财物清单等证据；
   
2. 联系专业机构对房屋及附属物价值进行评估；
   
3. 根据对方身份（个人、企业或行政机关）选择对应维权路径；
   
4. 若涉及复杂法律程序（如行政诉讼、刑事控告），建议委托律师介入以保障权益。
   

如有进一步细节需分析（如合同具体条款、拆除主体身份等），可直接向我提供材料，我将为您制定具体方案。