结论：确权后的土地，铁路部门在符合法定条件和程序的情况下，可以依法进行征收，这一行为是合法的。
分析：
土地确权与征收的法律依据：
- 土地确权是依法确定土地所有权和使用权的过程，它明确了土地的权利归属。确权后的土地，其权利受到法律保护。
- 铁路部门作为国家重要的基础设施建设部门，在符合公共利益需要的前提下，有权依法征收土地。这一权力来源于《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定。
铁路部门征收土地的合法条件：
- 公共利益需要：铁路建设通常被视为公共利益项目，旨在促进国家经济发展、改善交通条件等。因此，铁路部门征收土地需以公共利益为前提。
- 法定程序：铁路部门在征收土地时，必须遵循法定程序，包括发布征收公告、进行土地现状调查、组织听证、签订补偿协议等。这些程序旨在保障被征收人的合法权益，确保征收行为的合法性和公正性。
- 合理补偿：根据《土地管理法》的规定，铁路部门在征收土地时，应对被征收人给予合理补偿。补偿标准应依据当地经济社会发展水平、土地市场价格等因素确定，确保被征收人的生活水平不因征收而降低。
确权土地被征收的合法性：
- 确权后的土地，其权利归属明确。铁路部门在符合上述合法条件的情况下，可以依法对确权土地进行征收。这一行为不违反法律法规的规定，因此是合法的。
- 如果铁路部门在征收过程中存在违法行为，如未遵循法定程序、未给予合理补偿等，被征收人有权依法维护自己的合法权益，包括提起行政诉讼或申请行政复议等。
建议：
- 如果您面临确权土地被铁路部门征收的情况，建议您首先了解征收行为是否符合公共利益需要、是否遵循了法定程序以及是否给予了合理补偿。
- 如果您对征收行为有异议或认为自己的合法权益受到了侵害，建议您及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并依法维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果铁路部门依法进行征收，并给予了合理补偿，那么被征收人应配合征收工作，确保铁路建设的顺利进行。
- 如果铁路部门在征收过程中存在违法行为，被征收人依法维权后，可能导致征收行为被撤销或变更，铁路部门可能需要承担相应的法律责任。