休假三个月后并不自动算离职，是否构成自动离职需结合公司规章制度、劳动合同约定及法律规定综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、法律规定与合同约定

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，员工因病或非因工负伤需要停止工作医疗时，享有医疗期。医疗期的具体长度根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限确定，范围从三个月到二十四个月不等。
   • 在医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同，除非存在法律规定的特定情形，如员工严重违反用人单位的规章制度等。

2. 合同约定：

   • 劳动合同中可能包含关于休假的具体条款，包括休假的长度、休假期间的待遇以及超过休假期限后的处理方式等。这些条款应在签订劳动合同时由双方明确约定。
   • 如果劳动合同中明确规定了休假超过一定期限视为自动离职，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在休假超过该期限后，可能会被视为自动离职。但这种情况较为少见，且需确保合同条款的制定程序合法、内容合理。

二、公司规章制度

• 用人单位通常会有自己的规章制度，其中可能包含关于休假的规定。这些规定应合法合规，并提前告知员工。
• 如果公司的规章制度明确规定了休假超过一定期限视为自动离职，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在休假超过该期限后，可能会被视为自动离职。但同样，这种情况较为少见，且需确保规章制度的制定程序合法、内容合理。

三、实际情况分析

1. 医疗期内的保护：

   • 如果休假是因为员工生病或非因工负伤，且处于医疗期内，那么员工享有法律保护，用人单位不得因员工休假而解除劳动合同。
   • 医疗期满后的处理需依据法律规定和公司规章制度进行，不能简单地以休假超过三个月为由视为自动离职。

2. 沟通与协商：

   • 当员工休假时间较长时，用人单位应与员工进行积极沟通，了解休假原因和预计返回工作时间。
   • 双方可以协商调整工作岗位、工作内容或工作时间等，以适应员工的实际情况。

3. 解除合同的法定程序：

   • 如果用人单位认为员工已无法继续履行劳动合同，且符合法律规定的解除合同条件（如医疗期满后不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作），应按照法定程序与员工解除劳动合同，并支付相应的经济补偿金。

四、建议

• 对于员工：在休假前，应了解公司的规章制度和劳动合同中关于休假的规定，确保自己的休假行为符合规定。如果休假时间较长，建议与用人单位保持沟通，及时告知休假进展和预计返回工作时间。
• 对于用人单位：应制定合法合规的规章制度，明确休假的规定和处理方式。在员工休假时间较长时，应积极与员工沟通，了解情况并协商解决方案。如果需要解除劳动合同，应按照法定程序进行，并支付相应的经济补偿金。

总之，休假三个月后并不自动算离职，是否构成自动离职需结合具体情况综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。