针对农村自建房屋登记在他人名下这一情况，具体选择民事诉讼确权还是行政诉讼撤销登记，需结合实际情况判断，常见处理方式如下：

1. 若房屋权属存在争议，且争议焦点在于房屋实际归属
   例如，您能提供建房审批手续、出资证明、长期居住使用等证据，证明房屋实际由您建造并应归您所有，但因历史原因（如登记错误、借名登记等）登记在他人名下。此时，应优先通过民事诉讼主张房屋所有权，即提起“所有权确认之诉”。法院会根据证据审查房屋的实际权属，若认定您为实际权利人，会判决房屋归您所有，您可凭判决书要求登记部门变更登记。

2. 若房屋登记行为本身存在违法或错误，且争议焦点在于登记程序的合法性
   例如，登记部门未尽审查义务（如未核实建房审批文件、未要求权利人到场签字等），导致房屋被错误登记在他人名下；或他人通过伪造材料、冒名签字等非法手段完成登记。此时，可提起行政诉讼，请求法院撤销错误的登记行为。行政诉讼的被告是登记部门，法院会审查登记行为的合法性，若认定登记违法，会判决撤销登记，您可凭判决书重新申请登记。

补充说明：

• 民事诉讼与行政诉讼并非完全独立，实践中可能存在“民行交叉”情况。例如，若民事诉讼中需以登记行为合法性为前提，或行政诉讼中需明确房屋实际权属，法院可能要求您先通过另一种诉讼解决前置问题。
  
• 无论选择哪种诉讼，关键在于证据。您需提前收集建房审批文件、出资凭证、施工合同、邻居证言、水电费缴纳记录等证据，证明您与房屋的实际关联。
  
• 若涉及第三人利益（如房屋已被他人转让或抵押），还需考虑善意取得、交易安全等问题，诉讼策略会更复杂，建议提前咨询专业律师。

建议：
您可先梳理房屋建造、登记的具体过程及现有证据，初步判断争议焦点是“权属归属”还是“登记违法”，再选择对应的诉讼路径。若情况复杂或证据不足，可进一步向我描述细节，我会帮您分析具体方案。