有合作关系的公司是否可以一起投标，需分情况讨论，具体如下：

1. 法律允许的情形
   若合作公司之间不存在控股、管理关系等关联关系（例如：两家独立法人企业通过协议约定合作投标，但无股权或实际控制关系），且招标文件未明确禁止联合体投标或合作投标，则双方可以组成联合体共同投标。此时需注意：

   • 需在投标文件中明确联合体各方的责任分工（如谁负责技术、谁负责资金等）；
     
   • 联合体各方需对招标人承担连带责任（即任一方违约，招标人均可向其他方追责）；
     
   • 需符合《招标投标法》第三十一条关于联合体投标的规定（如资质要求需满足联合体整体标准）。

2. 法律禁止的情形
   若合作公司存在以下关系，则不得共同投标同一项目，否则可能被认定为串通投标：

   • 关联关系：如母公司与子公司、同一控股股东下的两家公司等（依据《招标投标法实施条例》第三十四条）；
     
   • 利益冲突：如一方为招标代理机构，另一方为投标人；
     
   • 招标文件明确禁止：部分招标项目会明确要求“不得以联合体形式投标”或“禁止特定合作方共同投标”。

实务建议：

• 投标前需仔细审查招标文件，确认是否允许联合体或合作投标；
  
• 若存在关联关系，即使未被招标文件禁止，也可能因“串通投标”风险被否决投标或承担法律责任；
  
• 合作投标时建议签订书面协议，明确权利义务、利润分配及违约责任，避免后续纠纷。
  

如有具体合作模式或招标文件条款需要分析，可进一步向我说明细节。