结论：施工单位虚报材料费，几年后发现仍可追责，但具体追责方式和效果会受到诉讼时效、证据收集及合同条款等多重因素的影响。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，三年内应提起诉讼或申请仲裁，否则可能丧失胜诉权。
最长诉讼时效：
- 然而，对于某些特殊情况，如权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但这一规定并非绝对，如果存在特殊情况，如权利人不知道或不应当知道权利受到损害，或者存在其他阻碍权利行使的情形，诉讼时效可能会延长。
诉讼时效的中断与中止：
- 在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等）导致诉讼时效中断，则诉讼时效期间重新计算。
- 如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效中止，从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
建议：在发现施工单位虚报材料费后，应尽快收集证据并咨询律师，以确定是否仍在诉讼时效期间内，并考虑采取适当的法律行动。
二、证据收集问题
合同文件：
- 审查与施工单位签订的合同文件，特别是关于材料费、工程量、付款方式等条款，以确定施工单位是否存在虚报行为。
财务记录：
- 收集并审查与施工单位相关的财务记录，如发票、收据、付款凭证等，以核实材料费的实际支出情况。
其他证据：
- 如有可能，收集其他相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，以支持你的主张。
建议：在收集证据时，应确保证据的合法性、真实性和关联性。如果证据不足或存在瑕疵，可能会影响追责的效果。
三、合同条款问题
违约责任条款：
- 审查合同中关于违约责任的条款，确定施工单位虚报材料费是否构成违约，以及应承担的违约责任。
争议解决条款：
- 了解合同中关于争议解决的方式和程序，如仲裁或诉讼等，以便在追责时选择合适的途径。
建议：在签订合同时，应明确约定违约责任和争议解决条款，以便在发生纠纷时能够迅速、有效地维护自己的权益。
四、追责方式
协商和解：
- 在发现施工单位虚报材料费后，可以尝试与施工单位进行协商和解，要求其退还多收的费用并承担相应的违约责任。
仲裁或诉讼：
- 如果协商无果，可以根据合同中的争议解决条款选择仲裁或诉讼方式追责。在仲裁或诉讼过程中，应提供充分的证据支持自己的主张。
总结与进一步行动建议：施工单位虚报材料费几年后发现仍可追责，但具体追责方式和效果会受到多种因素的影响。在追责过程中，应重点关注诉讼时效、证据收集、合同条款及追责方式等问题。如有需要，建议直接向我咨询，以便根据具体情况制定合适的追责策略。