当检察院受理刑事申诉案件后，针对被告（这里我们理解为原案中的被指控方或相关当事人）的处理，会遵循一系列严谨且公正的流程。以下是对这一流程的详细解析：
一、立案复查阶段
形式审查与立案决定：
- 检察院首先会对申诉材料进行细致的形式审查，这包括确认申诉主体是否适格（例如，是否为当事人、法定代理人或近亲属），申诉请求和事实理由是否清晰明确，以及是否在法定的申诉期限内提出。
- 若申诉材料符合立案条件，检察院将正式立案复查，并会及时通知申诉人、原案当事人等相关人员，告知他们复查的有关事项和流程。
全面复查工作：
- 承办检察官会调阅原案的全部卷宗材料，对原案的事实认定、证据采信、法律适用以及诉讼程序进行全面而细致的审查。
- 根据案件的具体需要，检察官可能会进行进一步的调查核实工作，如询问原案当事人、证人，重新进行鉴定或勘验，甚至调取新的证据等，以确保查明案件真相。
- 对于重大、疑难、复杂的案件，检察院会组织集体讨论，共同分析并提出处理意见，确保案件处理的公正性和准确性。
二、作出复查决定阶段
- 维持或纠正原决定：
- 经过全面复查，若原案认定事实清楚，证据确实、充分，适用法律正确，诉讼程序合法，且处理决定恰当，检察院将维持原决定。
- 若复查发现原案存在错误，如认定事实错误、证据不足、适用法律错误或违反法定程序等，导致处理决定不当，检察院将依法纠正原决定，并提出相应的处理意见，如撤销原决定、重新作出处理等。这一决定将直接影响被告的法律地位和权益。
三、送达与执行阶段
- 送达复查决定书：复查决定作出后，检察院会将复查决定书送达申诉人、原案当事人（包括被告）及有关部门，明确复查认定的事实、证据、法律依据及复查决定等内容。这是确保被告知晓复查结果和自身权益的重要步骤。
- 监督执行：对于需要执行的复查决定，检察院将监督执行情况，确保复查决定得到有效落实。例如，如果复查决定撤销了原判决并释放了被错误定罪的被告人，检察院将监督相关机关确保被告人得到及时释放。
四、被告在申诉过程中的权益保障
- 被告有权了解申诉进展：在整个申诉过程中，被告有权通过合法途径了解申诉的进展情况，包括是否立案、复查进度、复查结果等。
- 被告有权提出异议：如果被告对复查决定有异议，可以在法定期限内提出申诉或申请复议，以维护自己的合法权益。
- 被告享有律师帮助权：在申诉过程中，被告有权聘请律师为自己提供法律帮助，包括代理申诉、参与复查过程、提出法律意见等。
综上所述，检察院受理刑事申诉案件后，会严格遵循法律法规，进行全面、公正、高效的复查与处理。被告作为原案中的相关当事人，其权益将得到充分保障。在整个申诉过程中，被告应积极配合检察院的工作，同时依法维护自己的合法权益。