持有残疾证的员工在厂里工作，用人单位必须为其缴纳社会保险，这是法律的强制性规定，不存在因持有残疾证而免除缴纳社会保险的情形。具体依据如下：

1. 《中华人民共和国社会保险法》的强制性规定
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。无论员工是否持有残疾证，只要形成劳动关系，用人单位就必须为其缴纳社会保险（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）。这是法律的强制性义务，不得通过任何方式免除。

2. 《残疾人保障法》对就业权益的保护
   《残疾人保障法》第三十八条明确规定，国家保护残疾人劳动的权利，禁止歧视残疾人。用人单位不得以残疾为由，拒绝为残疾人缴纳社会保险或降低其福利待遇。若用人单位以“残疾证在厂里存放”为由不缴社保，属于违法行为，残疾人可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 特殊情形下的补充说明

   • 灵活就业或非全日制员工：若残疾人与用人单位未形成全日制劳动关系（如兼职、临时工），可能不适用强制缴纳社保的规定，但需以双方实际约定为准。
     
   • 政策优惠与社保缴纳无关：部分地区对雇佣残疾人的企业有税收减免或社保补贴政策，但这些优惠仅针对企业负担部分，不影响员工个人应享的社保权益。用人单位仍需依法为员工缴纳社保，不能因享受优惠而免除义务。

总结：无论员工是否持有残疾证，只要与用人单位存在劳动关系，用人单位就必须依法缴纳社会保险。若遇到用人单位拒缴社保的情况，建议保留劳动合同、工资记录等证据，及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。