这种操作存在一定法律风险，不合法合规的可能性较大，不过具体是否违法要分情况讨论：

1. 从社保缴纳地与劳动关系地一致性的角度
   根据《社会保险法》第五十八条规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这里的“社会保险经办机构”通常指用人单位注册地或实际经营地的社保机构。
   如果员工实际在公司所在地（如北京）工作，但公司通过代理公司在其他城市（如上海）缴纳社保，会导致社保缴纳地与劳动关系地、工资发放地、个税申报地不一致。这种操作可能被认定为“未依法缴纳社保”，员工有权要求公司补缴或向社保部门投诉，公司可能面临行政处罚（如罚款、责令整改）。

2. 从代理公司资质与操作合规性的角度
   若代理公司具备合法资质（如人力资源服务许可证、劳务派遣许可证），且操作流程完全符合当地社保政策（例如员工户籍或居住地在代理公司所在城市，或公司分支机构注册在该城市），则可能被认定为合法。
   但实践中，多数代理公司通过“虚构劳动关系”或“挂靠代缴”的方式操作（例如员工实际不在代理公司所在城市工作，代理公司仅出具虚假劳动合同或用工证明），这属于违法行为。根据《社会保险基金行政监督办法》第三十二条，通过虚构劳动关系等手段骗取社保待遇的，可能面临罚款、追缴社保费用，甚至刑事责任。

3. 从员工权益保障的角度
   即使代理公司操作合法，员工也可能面临实际风险：

• 社保待遇（如医保报销、生育津贴、失业金领取）可能因异地缴纳而受限（例如需在缴纳地就医才能报销）；
  
• 购房、购车、子女入学等需连续缴纳社保的场景，可能因异地缴纳导致年限不认可；
  
• 工伤认定、劳动仲裁等纠纷中，异地社保可能增加维权成本。

建议：

• 对公司而言，应优先在员工实际工作地缴纳社保，避免法律风险；若需异地缴纳，需确保员工户籍或居住地在该地，或通过合法分支机构操作。
  
• 对员工而言，若发现公司违规操作，可向当地社保部门投诉（拨打12333），或通过劳动仲裁要求公司补缴社保、赔偿损失。
  

如有进一步疑问（例如具体操作细节、维权流程），可直接向我咨询。