结论：协议上写两个人名字，办房产证时能否只写一个人，需分情况讨论，主要取决于协议性质、双方约定以及相关法律规定。以下为具体分析：
若协议为购房合同，且双方为共同购房人
若购房合同上明确写了两个人的名字，通常意味着双方为房屋的共同购买人，对房屋享有共同所有权。在此情况下，办理房产证时一般应按照合同约定，将两个人的名字都写入房产证，以体现双方的共同权益。若仅写一个人的名字，可能涉及对另一方权益的侵害，除非另一方明确表示放弃共有权，并出具书面声明。
若协议为内部约定（如借名购房协议）
若双方之间存在内部约定，例如一方借另一方的名义购房，实际出资人为借名方，且双方签订了借名购房协议。在此情况下，虽然购房合同上可能写的是出名方的名字，但根据内部约定，房屋的实际权益应归属于借名方。然而，这种内部约定并不具有对抗第三人的效力，且办理房产证时仍需遵循相关法律法规和登记机构的要求。若借名方希望房产证上仅写自己的名字，需与出名方协商一致，并可能需要通过法律途径确认房屋的实际权益归属，但这并不意味着可以直接在房产证上仅写借名方的名字，还需考虑登记机构的审核和法律规定。
若双方协商一致并符合法律规定
无论协议性质如何，若双方协商一致，且该协商结果不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么理论上可以在办理房产证时仅写一个人的名字。但这种情况较为特殊，需要双方有明确的书面约定，并可能需要经过公证等程序以增强其法律效力。