企业若不认可《责令限期改正通知书》中的整改要求，可按以下步骤处理：

1. 核查通知书合法性
   首先需确认通知书是否由有权机关（如市场监管、税务、环保等部门）依法作出，重点核查：

   • 作出主体是否具备行政处罚权；
     
   • 整改要求是否明确具体（如整改内容、期限、标准）；
     
   • 是否载明救济途径（如复议或诉讼期限、受理机关）。
     若通知书存在程序违法（如未告知救济权利）或实体违法（如要求超出法定权限），可作为后续抗辩理由。

2. 与行政机关沟通协商
   在法定期限内（通常为收到通知书后3-7日）主动联系发文机关，通过书面或会议形式提出异议，重点说明：

   • 整改要求与企业实际情况不符（如技术不可行、成本过高）；
     
   • 法律依据不足（如要求整改的事项无明确法规支持）；
     
   • 存在其他合理理由（如已采取替代性合规措施）。
     沟通时需保留书面记录（如邮件、会议纪要），避免口头协商无证据。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若沟通无果，企业可在法定期限内（通常为60日内申请复议，6个月内提起诉讼）通过法律途径救济：

   • 行政复议：向上一级主管部门或本级政府申请，复议机关将审查通知书合法性，可作出撤销、变更或确认违法的决定；
     
   • 行政诉讼：直接向法院起诉，法院将全面审查行政行为合法性，若认定整改要求违法，可判决撤销或责令重新作出。
     选择复议或诉讼需结合具体案情，例如复议程序相对简便，诉讼审查更全面。

4. 暂缓执行与风险防控
   在救济程序期间，企业可向行政机关申请暂缓执行整改要求（需提供担保或证明不执行不会造成危害后果），同时：

   • 避免直接拒绝整改导致被加处罚款或强制执行；
     
   • 同步完善内部合规措施（如整改部分可行内容），降低后续法律风险。
     

关键提示：不认可整改要求不等于可完全不作为，企业需在法律框架内主张权利，否则可能面临更严厉的行政处罚。建议根据具体行业（如环保、税务、消防）的专项法规，结合通知书具体内容制定应对策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体领域的法律问题。