在商铺出租过程中，若双方希望约定税收由承租方承担，这一做法在民事合同层面虽有一定效力，但需谨慎处理以避免法律风险。以下是一些详细的建议和合同签订要点，供您参考：
一、合同约定的有效性
民事合同效力：根据《中华人民共和国民法典》，只要租赁双方基于真实意思表示，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么合同中关于税收承担的条款在民事层面是有效的。这意味着，双方可以在合同中明确约定“因本商铺租赁产生的一切税费均由承租方承担”。
违约责任条款：为确保约定的执行力，合同中应明确违约责任。若承租方未按照约定承担税收，导致出租方遭受损失（如滞纳金、罚款等），出租方有权要求承租方承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿实际损失等。
二、税法规定的考量
法定纳税义务人：尽管民事合同中有相关约定，但根据《中华人民共和国房产税暂行条例》等税法规定，商铺出租的税收通常由产权所有人即出租方承担。例如，增值税、房产税等税种的纳税人通常是取得租金收入的出租方。
约定与税法的冲突：需要注意的是，任何与税收法律、行政法规相抵触的合同约定都是无效的。税务机关在征税时，会依据税法规定确定纳税义务人，而不会执行合同中关于税收承担的违法约定。
三、合同签订建议
明确税收承担方：在签订租赁合同时，双方应明确税收的承担方，并确保约定符合法律法规的规定。为避免纠纷，建议咨询专业律师或税务机构，以确保合同的合法性和有效性。
合法转嫁税收成本：如果出租方希望承租方承担部分或全部税收成本，应通过调整租金水平等合法方式实现。例如，可以在合同中约定一个包含税收成本的租金总额，或者明确租金中包含哪些具体税费。
详细列明税费项目：为增强合同的透明度和可执行性，建议双方在合同中详细列明可能涉及的税费项目，如增值税、房产税、城市维护建设税等，并明确各自的承担比例或金额。
及时了解税法变动：由于税法可能随时间变化而调整，建议双方定期了解相关税法动态，以确保合同的合规性。如遇税法变动，双方应及时协商调整合同内容。
四、风险防范措施
保留相关证据：为应对可能出现的纠纷，双方应保留好与税收承担相关的证据，如合同文本、租金支付凭证、税费缴纳凭证等。
定期沟通协商：在租赁期间，双方应定期沟通协商税收承担问题，确保合同约定的顺利执行。如遇问题或争议，应及时寻求法律途径解决。
综上所述，虽然商铺出租中约定税收由承租方承担在法律上存在一定风险，但通过明确约定、合法转嫁税收成本、详细列明税费项目以及及时了解税法变动等措施，可以有效降低风险并保障双方权益。