国有企业职工因刑事案件被单位解除劳动合同，企业年金单位缴纳部分一般不会清零，但具体处理方式需依据单位规章制度及企业年金方案来确定。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
企业年金性质：企业年金是企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险制度。它并非职工的基本工资或福利，而是企业为职工提供的一种长期福利计划，旨在提高职工退休后的生活水平。
解除劳动合同的影响：当职工因刑事案件被单位解除劳动合同时，这并不意味着其企业年金账户中的资金会立即清零。企业年金账户的资金属于职工个人所有（包括个人缴纳部分和单位缴纳部分及其投资收益），只是其归属和领取条件可能受到一定限制。
相关法律法规：根据《企业年金办法》等相关规定，职工在达到国家规定的退休年龄、完全丧失劳动能力、出国（境）定居等情形时，可以领取企业年金。虽然被解除劳动合同并不直接等同于这些情形，但法律法规并未规定因刑事案件被解除劳动合同会导致企业年金单位缴纳部分清零。
单位规章制度及企业年金方案层面
单位规章制度：不同国有企业可能有不同的规章制度，这些制度可能对企业年金的处理方式有具体规定。例如，有些单位可能规定，因职工严重违纪（包括刑事案件）被解除劳动合同的，单位缴纳部分的企业年金将不予归属职工个人，而是收回单位或用于其他用途。
企业年金方案：企业年金方案是单位建立企业年金制度的具体文件，其中会明确企业年金的缴纳、归属、领取等条件。因此，职工因刑事案件被解除劳动合同时，企业年金单位缴纳部分的处理方式还需参考企业年金方案的具体规定。
实际操作建议
查阅单位规章制度及企业年金方案：首先，建议你查阅所在单位的规章制度及企业年金方案，了解其中对企业年金处理方式的具体规定。
与单位沟通：如果规章制度或企业年金方案中未明确规定或规定不明确，你可以与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解单位的具体处理意见。
寻求法律援助：如果你认为单位的处理方式侵犯了你的合法权益，你可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，沈泽宇律师，专注于合同纠纷、公司事务、婚姻家庭、劳动纠纷领域），以维护自己的合法权益。
总结来说，国有企业职工因刑事案件被单位解除劳动合同，企业年金单位缴纳部分一般不会清零，但具体处理方式需依据单位规章制度及企业年金方案来确定。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。