单位修缮费用超过4万元，需根据资金来源、单位性质及修缮性质，分情况处理并履行相应程序，具体如下：

1. 若修缮资金来源于财政资金（如行政事业单位、国企）

   • 需履行政府采购程序：根据《政府采购法》及实施条例，修缮工程属于“工程类采购”，若预算金额达到政府采购限额标准（通常为400万元以上，但部分地区或单位可能设定更低标准，如4万元可能触发内部审批流程），需通过公开招标、邀请招标等方式采购；若未达限额但单位内部规定需审批，仍需按流程报批。
     
   • 预算调整与备案：若修缮费用超出年初预算，需按《预算法》规定调整预算，并报财政部门备案或审批，确保资金使用合法合规。
     
   • 审计与监督：修缮项目完成后，需接受财政、审计部门的监督检查，确保资金使用效率及工程质量。

2. 若修缮资金来源于单位自有资金（如民营企业、社会团体）

   • 内部决策程序：根据单位章程或内部管理制度，修缮费用超过一定金额（如4万元）需经董事会、理事会或管理层集体决策，形成书面决议并留存备查。
     
   • 合同签订与履行：与施工单位签订书面合同，明确工程范围、工期、价款及支付方式等条款，避免口头协议引发纠纷。
     
   • 财务处理与税务合规：修缮费用应计入单位成本或资产，按税法规定进行税务处理（如增值税抵扣、企业所得税扣除等），并保留完整财务凭证（如发票、合同、付款记录等）以备税务检查。

3. 若修缮涉及公共安全或历史建筑保护等特殊情形

   • 专项审批：根据《建筑法》《文物保护法》等规定，修缮可能需取得规划、建设、文物等部门的审批或许可，否则可能面临行政处罚。
     
   • 专业资质要求：施工单位需具备相应资质（如建筑工程施工总承包资质），否则合同可能无效，且单位可能因选任无资质单位承担连带责任。

建议行动：

• 立即核查单位性质、资金来源及修缮性质，确定适用法律及程序；
  
• 梳理现有审批文件、合同及财务凭证，评估合规风险；
  
• 若存在程序瑕疵或法律风险，及时补正或咨询专业律师制定应对方案。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律处理方式。