针对您提出的“工程结算超过400万怎么办”的问题，首先需要明确的是，这一问题的处理方式可能会受到多种因素的影响，包括但不限于工程性质（如是否涉及国有资金或国家融资）、是否已进行招标流程、以及超出预算的具体原因等。不过，基于您提供的参考信息，我可以给出一些一般性的建议和处理方向。

一、明确工程性质与法规要求

1. 国有资金投资或国家融资项目：

   • 如果您的工程是国有资金投资或国家融资项目，并且结算金额超过了400万，那么根据相关规定，这类项目通常需要进行招标。若未进行招标，可能会面临一系列法律后果。

2. 非国有资金项目：

   • 对于非国有资金项目，虽然可能没有强制性的招标要求，但超出预算仍然需要合理解释和处理，以避免可能的法律纠纷或财务风险。

二、处理措施与建议

1. 国有资金项目未招标：

   • 责令限期改正：相关部门可能会要求您所在单位限期改正，即尽快补充招标流程或采取其他补救措施。
   • 罚款：根据法规，可能会对项目单位处以合同金额千分之五到千分之十的罚款。
   • 暂停项目执行或资金拨付：在严重情况下，国有资金项目可能会被暂停执行或停止资金拨付。
   • 人员处分：对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可能会给予相应的行政处分。
   • 重新招标或确定中标人：如果中标无效，可能需要按照法律规定重新确定中标人或重新进行招标。
   • 刑事责任：如果相关责任人存在贪污、受贿等违法行为，将依法追究刑事责任。

2. 非国有资金项目超出预算：

   • 内部审查：首先进行内部审查，了解超出预算的具体原因，如成本增加、设计变更等。
   • 与合同方协商：与合同方（如施工单位、供应商等）进行协商，看是否能够调整合同价格或寻求其他解决方案。
   • 财务调整：根据内部审查结果和与合同方的协商情况，进行必要的财务调整，如增加预算、调整支付计划等。
   • 法律咨询：如果超出预算引发了法律纠纷或潜在的法律风险，建议咨询专业律师以获取法律意见和帮助。

三、总结与预防

无论工程性质如何，超出预算都是需要严肃对待的问题。为了避免类似情况再次发生，建议：

• 加强项目管理和预算控制，确保项目按照预定的预算和计划进行。
• 对于国有资金项目，严格遵守相关法律法规和招标流程要求。
• 定期进行内部审计和风险评估，及时发现并纠正可能存在的问题。

希望以上建议能够对您有所帮助。如果您需要更具体的法律意见或帮助，请咨询专业律师或相关机构。