结论：农村自建房盖上2年后是否还会被追究不合法，这主要取决于房屋的违法性质、相关法律法规的规定以及行政机关的执法态度和时效性。以下从多个角度进行详细分析：

1. 违法性质与处罚时效：

   • 如果农村自建房的违法性属于持续状态，例如未经批准擅自占用土地建房，且该行为一直持续至今，那么无论房屋建成多久，都有可能被相关部门追究责任。因为持续性的违法行为不受时间限制，行政机关有权随时进行查处。
   • 如果违法性属于一次性行为，但该行为在建成后的一段时间内未被发现或查处，那么是否会被追究责任就取决于相关法律法规规定的处罚时效。一般来说，行政处罚的时效为两年，但某些特定情况下可能更长。如果超过了处罚时效，行政机关可能不再进行处罚，但这并不意味着违法建筑就合法化了。

2. 相关法律法规的规定：

   • 根据《土地管理法》等相关法律法规，未经批准擅自占用土地建房是违法行为，行政机关有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。这些规定并未设定具体的处罚时效限制，因此理论上只要违法建筑存在，就有可能被追究责任。
   • 然而，在实际操作中，行政机关可能会考虑违法建筑的建成时间、社会影响等因素，对是否进行处罚以及处罚的力度进行裁量。

3. 行政机关的执法态度和时效性：

   • 行政机关在执法过程中，可能会受到人力、物力等资源的限制，无法对所有违法建筑进行及时查处。因此，一些违法建筑可能在建成后的一段时间内未被发现或查处。
   • 但随着执法力度的加强和监管技术的提高，行政机关对违法建筑的查处能力也在不断提升。因此，即使房屋建成多年，也有可能被相关部门发现并追究责任。

法律建议：

• 如果您的农村自建房存在违法情况，建议您尽快咨询当地相关部门或专业律师，了解具体的法律法规和处罚政策，以便及时采取措施进行整改或补办手续。
• 如果您认为自己的房屋是合法建设的，但担心被误认为违法建筑而受到查处，您可以保留好相关的建设手续、审批文件等证据材料，以便在需要时进行证明。

可能后果：

• 如果您的农村自建房被认定为违法建筑，且未在规定期限内进行整改或拆除，那么行政机关有权采取强制拆除等措施，并可能对您处以罚款等行政处罚。
• 此外，违法建筑还可能面临无法办理产权登记、无法转让或抵押等法律风险，给您的生活带来不便和损失。

因此，我建议您务必重视农村自建房的合法性问题，及时咨询专业律师或相关部门，确保自己的权益得到保障。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。