若养殖合作社长期不注销法人资格，可能面临以下法律后果：

1. 持续承担法律责任与义务
   根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及《农民专业合作社法》，合作社作为独立法人主体，即使停止经营仍需履行年报公示、税务申报等义务。若未依法注销，市场监管部门可能将其列入经营异常名录或严重违法失信名单，导致法人代表（负责人）被限制高消费、无法担任其他企业高管，甚至影响个人征信。

2. 税务风险累积
   合作社需按期申报纳税，即使无经营收入也需零申报。若未注销且长期未申报，税务机关可认定为“非正常户”，追缴滞纳金及罚款，情节严重者可能移送司法机关追究刑事责任。此外，未注销的合作社若后续被注销，其税务遗留问题可能追溯至法人代表个人财产。

3. 债务连带责任风险
   若合作社存续期间产生债务（如贷款、合同纠纷），未注销状态下法人代表可能需以个人财产承担无限连带责任。即使合作社无实际资产，债权人仍可通过法律程序申请强制执行法人代表名下财产。

4. 行政处罚与信用惩戒
   根据《市场主体登记管理条例实施细则》，合作社成立后无正当理由超过6个月未开业或开业后自行停业连续6个月以上，登记机关可吊销营业执照。被吊销后未及时办理注销登记的，法人代表将被纳入“黑名单”，限制参与政府采购、招投标等活动。

建议处理方式：
若合作社已停止经营，应尽快完成清算并办理注销登记，流程包括：

1. 成立清算组并通知债权人；
   
2. 清理债权债务、分配剩余财产；
   
3. 向登记机关提交注销申请（含清算报告、税务清税证明等材料）。
   

特别提醒：
注销前需确保无未了结的诉讼或行政处罚，否则可能影响注销进程。若对流程不熟悉，可进一步向我咨询具体操作细节。