当合同与后来的地方法规章发生冲突时，处理方式需结合冲突的具体情形和法律规定来综合判断，核心原则是依据法律位阶和冲突规则来确定适用依据，必要时可通过协商、诉讼或仲裁解决争议。以下是具体分析：

1. 判断法律位阶，确定优先适用规则

• 根据《中华人民共和国立法法》，法律的效力高于行政法规、地方性法规；行政法规的效力高于地方性法规；地方性法规的效力高于本级和下级地方政府规章。
• 若合同内容与地方法规章冲突，但地方法规章与上位法（如法律、行政法规）一致：此时地方法规章具有合法效力，合同内容若违反地方法规章，可能因违反强制性规定而被认定无效或部分无效。例如，地方性法规规定“特定行业必须取得许可证方可经营”，若合同未遵守该规定，可能因违法而无效。
• 若地方法规章与上位法冲突：根据《立法法》第97条，上位法优先适用，地方法规章中与上位法抵触的部分无效。此时合同内容若符合上位法但违反地方法规章，合同仍可能有效，但需注意地方执法实践中的风险（如行政处罚）。

2. 区分“管理性规范”与“效力性规范”

• 并非所有违反地方法规章的合同都无效。根据《民法典》第153条，只有违反“效力性强制性规定”的合同才无效，违反“管理性强制性规定”的合同可能有效，但需承担行政责任。
• 效力性规范：直接涉及公共利益、市场秩序等核心价值，如禁止流通物交易、禁止赌博等。合同违反此类规范必然无效。
• 管理性规范：如行业准入、资质要求等，目的是规范管理而非否定合同效力。合同违反此类规范可能有效，但当事人可能面临罚款、吊销许可证等行政处罚。

3. 协商变更合同或寻求行政救济

• 协商变更：若地方法规章对合同履行产生实质性影响（如增加成本、限制权利），双方可协商修改合同条款，以符合新规定。例如，地方出台环保政策要求企业升级设备，双方可协商延长履行期限或调整价款。
• 行政救济：若认为地方法规章违法，可依据《立法法》第99条向有权机关提出审查建议（如向省级人大常委会提出对地方政府规章的审查请求），但此途径周期较长，不直接解决合同争议。

4. 通过诉讼或仲裁解决争议

• 诉讼：若协商无果，可向法院起诉，由法院根据法律位阶、冲突规则和合同目的综合判断合同效力。法院在审理中会审查地方法规章的合法性，若认定其与上位法冲突，可能不予适用。
• 仲裁：若合同约定仲裁条款，可提交仲裁机构裁决。仲裁机构同样需遵循法律位阶和冲突规则，但裁决具有终局性，需谨慎选择。

5. 特殊情形：新法不溯及既往

• 根据《立法法》第93条，法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。
• 若合同签订时地方法规章尚未出台：新规章原则上不适用于已成立的合同，除非新规章明确规定其具有溯及力或合同履行持续至新规章生效后。例如，地方在新规章生效前已签订长期租赁合同，新规章增加租金限制，原则上不影响原合同效力。

总结建议

1. 优先核查地方法规章的合法性：确认其是否与上位法冲突，若冲突则上位法优先适用。
2. 区分规范性质：判断违反的是效力性规范还是管理性规范，以确定合同效力。
3. 及时协商或寻求救济：通过协商、行政审查或诉讼/仲裁解决争议，避免损失扩大。
4. 关注新法溯及力：若合同履行跨越新规章生效时间，需评估新规章是否适用。

如有具体合同或地方法规章内容，可进一步提供细节，我会为您分析具体风险点及应对方案。