股东在特定情况下是可以起诉和母公司签协议的公司的。以下从不同角度为您详细分析：
一、股东直接诉讼的情况
合同相对性原则的例外：
- 通常情况下，合同具有相对性，即合同的权利和义务仅约束合同双方当事人。然而，在特定情况下，如合同涉及第三人利益（如为第三人设定权利或义务），或者股东能够证明其与合同有直接利害关系，股东可能突破合同相对性原则，直接起诉合同相对方。
- 例如，如果母公司与另一公司签订的协议中明确约定了股东的权利或义务，或者该协议的实施直接影响了股东的权益，股东可能有权直接起诉。
股东代表诉讼（派生诉讼）的转化：
- 在公司利益受到侵害，而公司管理层拒绝或怠于行使诉权时，股东可以代表公司提起诉讼，即股东代表诉讼。虽然这通常针对的是公司内部人员（如董事、高管）的违法行为，但在某些情况下，如果外部公司（如与母公司签协议的公司）的行为也损害了公司利益，且公司管理层未采取行动，股东可能通过股东代表诉讼的机制，间接地对该外部公司提起诉讼。不过，这通常需要先经过公司内部的前置程序（如请求董事会提起诉讼）。
- 需要注意的是，股东代表诉讼的最终目的是维护公司利益，而非股东个人利益。如果诉讼成功，赔偿通常归公司所有，股东仅能通过公司分红等方式间接受益。
二、股东间接影响诉讼的情况
通过公司行使诉权：
- 股东可以通过公司董事会或股东会等内部机构，促使公司对与母公司签协议的公司提起诉讼。这是股东影响诉讼的最直接方式，也是符合公司治理结构的常规做法。
利用股东协议或公司章程：
- 如果股东协议或公司章程中规定了股东在特定情况下的诉讼权利，股东可以依据这些规定直接起诉。例如，公司章程可能规定，当公司与其他公司签订的协议损害股东利益时，股东有权直接提起诉讼。
三、法律建议
审查合同内容：
- 股东应首先审查母公司与另一公司签订的协议内容，确定该协议是否涉及股东权益，以及是否存在违反法律法规或公司章程的条款。
咨询专业律师：
- 在决定是否起诉前，股东应咨询专业律师，评估诉讼的可行性和风险。律师可以帮助股东分析合同条款、公司治理结构以及相关法律法规，为股东提供法律意见和诉讼策略。
考虑诉讼成本：
- 股东在决定起诉时，应充分考虑诉讼成本，包括律师费、诉讼费、时间成本等。如果诉讼成本过高，或者诉讼结果不确定，股东可能需要权衡利弊，选择其他解决方式。
尝试协商解决：
- 在提起诉讼前，股东可以尝试与母公司或与母公司签协议的公司进行协商，寻求和解或调解。这通常可以更快地解决问题，减少诉讼成本和时间。
总结来说，股东在特定情况下是可以起诉和母公司签协议的公司的，但具体是否可行以及如何操作，需要根据合同内容、公司治理结构以及相关法律法规进行综合分析。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。