针对您提出的“还迁小区登记车牌时，物业公司把业主的身份证、户口本、房产证复印件存留是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、物业公司留存证件复印件的合法性基础
首先，我们需要明确的是，物业公司作为小区的管理服务提供者，其职责是维护小区的正常秩序和提供必要的服务。在办理门禁卡、车牌登记等事项时，物业公司确实需要核实业主的身份和房屋信息，以确保登记的真实性和准确性。然而，这并不意味着物业公司可以随意留存业主的证件复印件。
二、物业公司留存证件复印件的合法性分析
必要性原则：物业公司留存业主的证件复印件应当基于必要性原则。即，只有在确实需要这些复印件来履行其管理职责，且没有其他更合适、更安全的方式来获取这些信息时，物业公司才可以考虑留存。在车牌登记的场景下，物业公司通常只需要核实业主的身份和房屋信息，而不需要长期留存这些证件的复印件。
合法性依据：物业公司留存业主证件复印件的行为，应当有明确的法律依据或合同约定。在缺乏明确法律依据或合同约定的情况下，物业公司擅自留存业主的证件复印件可能构成对业主隐私权的侵犯。
安全性保障：如果物业公司确实需要留存业主的证件复印件，那么它必须采取严格的安全措施来保障这些复印件的安全，防止信息泄露和滥用。这包括但不限于对复印件进行加密存储、限制访问权限、定期销毁不再需要的复印件等。
三、针对您具体情况的建议
与物业公司沟通：您可以首先与物业公司进行沟通，了解其留存证件复印件的具体原因和用途，并要求其提供明确的法律依据或合同约定。如果物业公司无法提供合理的解释或依据，您可以要求其立即返还您的证件复印件。
查看相关法律法规：您可以查阅《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，了解物业公司留存业主证件复印件的合法性和限制。如果物业公司的行为违反了相关法律法规，您可以依法维护自己的权益。
寻求法律援助：如果与物业公司的沟通无果，或者您认为物业公司的行为已经严重侵犯了您的权益，您可以考虑寻求法律援助或向相关部门投诉举报。
四、总结与提醒
物业公司留存业主的证件复印件并非绝对合法或非法，而是需要根据具体情况进行判断。在车牌登记等场景下，物业公司通常不需要长期留存业主的证件复印件。如果物业公司确实需要留存这些复印件，那么它必须采取严格的安全措施来保障信息的安全。作为业主，您有权了解物业公司留存证件复印件的具体原因和用途，并依法维护自己的权益。